Iš kitų bendrojo lavinimo įstaigų dabartinė Jėzuitų gimnazija išsiskiria ne tik populiarumu, aukštu akademinio parengimo lygiu, bet ir dėmesiu mokinių, mokytojų, tėvų dvasiniam gyvenimui, socialinės atsakomybės ugdymui.
„Vaikams parengtos vertybių ugdymo programos, privalomas socialinis darbas, didelę dėmesį skiriame bendruomenės auginimui, į mokyklos gyvenimą, sielovadinę veiklą bandome įtraukti ne tik vaikus, bet ir kuo daugiau tėvų“, - sakė gimnazijos vadovas.
Ketvirtadienį po pamaldų Šv.Kazimiero bažnyčioje, mokiniai, jų mokytojai ir tėvai kviečiami į gimnazijoje rengiamą Kaziuko mugę, o vakare į Nacionalinę filharmoniją dalyvauti tradicinių jėzuitų renginių pavyzdžiu ruošiamoje „Meninėje polemikoje su klausytoju“.
Viena seniausių Lietuvos vidurinio mokslo institucijų - Collegium Vilnense Societati Jesu - įsteigta 1570 metų liepos 17 dieną. Pirmasis kolegijos rektorius buvo jėzuitas Stanislovas Varševickis.
Nuo 1572 metų čia pradėtos skaityti logikos paskaitos, vėliau imta mokyti matematikos, teologijos, hebrajų kalbos.
1757 metais, po sunkaus karų, okupacijos ir marų šimtmečio, jėzuitų kolegija prie Vilniaus Universiteto buvo pertvarkyta į kilmingųjų kolegiją (collegium nobilium). Ji įsikūrė vėliavininko Kazimiero Šiškos jėzuitams padovanotame žemės sklype ir namuose, esančiuose prie šv. Kazimiero bažnyčios ir vienuolyno.
1773 metais, paskelbus jėzuitų ordino panaikinimą, buvę kolegijos pastatai sunyko, o vėliau caro valdžios buvo atiduoti kareivinėms.
1918 metais, Vilniaus vyskupui Jurgiui Matulevičiui pavedus, vokietis jėzuitas Friedrichas Muckermanas pradėjo paruošiamuosius jėzuitų gimnazijos atkūrimo darbus.
1919-ųjų balandį lenkams išvijus bolševikus, prie šv. Kazimiero bažnyčios įsikūrė Lenkijos provincijos jėzuitai, kurie po poros metų senuose kilmingųjų pastatuose atidarė jėzuitų berniukų gimnaziją, kurią pirmais metais lankė 135 moksleiviai.
1938-1939 mokslo metais gimnazijoje mokėsi jau 580 gimnazistų.
Lietuvai atgavus Vilnių, jėzuitų generolo V. Leduchovskio dekretu gimnazija buvo perduota Lietuvos jėzuitų provincijolo jurisdikcijai. Kitais mokslo metais Vilniaus jėzuitų gimnazija jau veikė kaip Kauno jėzuitų gimnazijos filialas, kol sovietų okupacinė valdžia ją uždarė.
Pokario metais jėzuitų gimnazijos patalpose atidaryta Vilniaus pirmoji berniukų gimnazija, vėliau pertvarkyta į A. Vienuolio vidurinę mokyklą.
1982 metais mokykla pradėta rekonstruoti, tačiau darbai nebaigti.
1994 metų lapkričio 11 dieną Vilniaus miesto valdyba pastatus grąžino tikriesiems šeimininkams. Tą patį mėnesį susikūrė gimnazijos steigimo iniciatyvinė grupė. 1995-ųjų vasarį Lietuvos jėzuitų provincijolas kun. J. Boruta SJ kreipėsi į Vilniaus arkivyskupą metropolitą A. J. Bačkį prašydamas sutikti atkurti gimnaziją. Birželio 19-osios dekretu sumanymui buvo pritarta.
Moksleiviams gimnazija duris vėl atvėrė 1995 metų rugsėjo 11 dieną. Sukomplektuotose 5 - 11 klasėse mokslo metus pradėjo 336 moksleiviai ir 54 mokytojai.