Gimė 1726 07 30 netoli Gardino. Tėvas Mykolas Juozapas Masalskis buvo Lietuvos DK didysis etmonas, motina Pranciška iš Oginskių giminės. 1744 pradėjo dvasininko karjerą – tėvo protekcijų dėka tapo Volpos klebonu ir Vilniaus kapitulos kanauninku. Studijavo teologiją Varšuvos misionierių seminarijoje bei Romoje. 1762 mirus Vilniaus vyskupui Mykolui Jonui Zenkovičiui, Augustas III Vilniaus vyskupystę atidavė J. I. Masalskiui.
Konsekravimo iškilmės įvyko 1762 07 27. Naujasis vyskupas liberalizavo Lietuvos religinę atmosferą. Jo dėka išliko išsamūs XVIII a. antrosios pusės parapijų ir dekanatų padėties aprašai – vyskupo nurodymu klebonai ir dekanai kasmet turėjo daryti išsamias ataskaitas. Vyskupas pertvarkė Vilniaus kunigų seminariją, įvedė Lietuvos istorijos, lenkų kalbos dėstymą. Kartu reikalavo, kad kaimo parapijose dirbantys kunigai mokėtų lietuviškai.
Vilniaus vyskupas buvo išsilavinęs žmogus, bendravo su žymiais to meto meno ir mokslo žmonėmis, globojo architektus Martyną Knakfusą ir Lauryną Gucevičių. Jo rūpesčiu pastatyti Verkių rūmai, rekonstruota Vilniaus katedra. Nemaži vyskupo nuopelnai Lietuvos švietimui. Po Jėzuitų ordino uždarymo 1773, J. I. Masalskis pateikė organizacinius Edukacinės komisijos principus.
Jis 1773 10 15 tapo ir pirmuoju komisijos pirmininku. Siekė išplėsti parapijinių mokyklų tinklą Vilniaus vyskupijoje, parašė mokyklų nuostatus, kuriuose atsispindėjo švietimo idėjos. Apkaltintas lėšų iššvaistymu, neatsakingu finansinių reikalų tvarkymu vyskupas 1777 pasitraukė iš pirmininko pareigų, tačiau komisijoje dar dirbo iki 1794.
Politinėje sferoje dažnai ėjo prieš srovę. Jis priešiškai sutiko 1791 Gegužės 3 d. Konstituciją, 1792 m. įsitraukė į Targovicos konfederacijos šalininkų gretas ir 1793 dalyvavo Gardino seime, patvirtinusiame antrąjį Lietuvos ir Lenkijos valstybės padalijimą.
1794 prasidėjus Tado Kosciuškos vadovaujamam sukilimui, J. I. Masalskis buvo tarp jo priešininkų, 1794 04 02 pasirodė jo redaguotas sukilėlius smerkiantis universalas. Dėl šių veiksmų vyskupas buvo apkaltintas valstybės išdavimu ir Tado Kosciuškos įsakymu Varšuvoje suimtas. 1794 06 28 varšuviečių minia jį be teismo pakorė. 1795 vyskupo J. I. Masalskio palaikai pargabenti į Vilnių ir palaidoti katedros kriptoje.
Tai yra 2007-2008 m. programos „Lietuvos, Baltarusijos, Ukrainos mokslininkų bendradarbiavimas: Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kalendorius“ metu sukurto Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kalendoriaus enciklopedinio žinyno dalis.
© Lietuvos Istorijos Institutas ir Lietuvos Respublikos užsienio reikalų ministerija
