Tarp minusų minima ir tai, kad neatlikta išsami naujos savivaldybės steigimo studija ekonominiu, socialiniu, kultūriniu ir infrastruktūriniu aspektais, valstybė nėra išsprendusi administravimo problemų, Seimas neturi tvirtos nuomonės dėl administracinės reformos šalyje.
Kai kurių Tarybos narių teigimu, Vilkijos savivaldybė būtų probleminė savivaldybė finansine prasme, nes čia beveik nėra verslo įmonių, gyventojų pajamų mokesčio, kuris sudaro didžiąją dalį savivaldybių biudžetų, būtų surenkama apie 10 mln. litų, vadinasi, savivaldybės biudžete kasmet susidarytų apie 15-17 mln. litų skolų.
Pažymėta, kad Vilkijos savivaldybės steigimas gali tapti Kauno rajono savivaldybės naikinimo pradžia.
Pasak mero Valerijaus Makūno, savivaldybė nėra nuostolinga, jei ji turi ne mažiau kaip 70 tūkst. gyventojų. Planuojama Vilkijos savivaldybė turėtų apie 20 tūkst. gyventojų.
"Prie Kauno miesto savivaldybės prijungtos gyvenvietės bei seniūnijos nebegalėtų pasinaudoti ES parama kaimo plėtrai 2007-2013 m. Baigiamas rengti Kauno rajono bendrasis planas, kainavęs 2 mln. litų. Plane numatyta bendra rajono plėtra - ir Vilkijos, jos apylinkių, ir Čekiškės, Babtų, kitų seniūnijų. Jei bus steigiama Vilkijos savivaldybė ir naikinama Kauno rajono savivaldybė - subalansuota šių teritorijų plėtra bus išdraskyta", - sakė meras.
Be iš anksto pateikto sprendimo projekto, kuriuo siūlyta nepritarti Kauno rajono savivaldybės panaikinimui ir naujos Vilkijos savivaldybės stiegimui, Konservatorių frakcija pateikė alternatyvų sprendimo projektą, kuriuo siūlyta nepritarti Kauno rajono savivaldybės panaikinimui, o klausimą dėl Vilkijos savivaldybės steigimo svartyti tik gavus Vidaus reikalų ministerijos atliktos gyventojų apklausos rezultatus ir ekonominius skaičiavimus.
Į Vidaus reikalų ministeriją prašydama surengti gyventojų apklausą ir steigti Vilkijos savivaldybę kreipėsi Vilkijos gyventojų iniciatyvinė grupė.