Dėl reikšmingų teisės aktų pažeidimų valstybės kontrolierė priėmė sprendimą, kuris įpareigojo savivaldybę grąžinti į valstybės biudžetą ne pagal paskirtį ar pažeidžiant teisės aktus panaudotas valstybės biudžeto tikslinės paskirties lėšas – beveik 2,3 mln. Lt. Pažeidimus padarę asmenys turės būti patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn, iš jų turės būti išieškota padaryta žala.
Auditoriai nustatė reikšmingų pažeidimų rekonstruojant Vilniaus greitosios pagalbos universitetinės ligoninės pastato korpusą.
Bankrutavus darbus vykdžiusiai bendrovei, savivaldybei priklausanti UAB „Vilniaus vystymo kompanija“ naują konkursą paskelbė neįvertinusi, kiek ir kokių statybos darbų neatlikta, todėl auditoriai negalėjo nustatyti, ar pagrįstai įsigyti 4,7 mln. Lt vertės nebaigti statybos darbai. Tik po konkurso sudaryta komisija vertino, kiek faktiškai atlikta statybos darbų, ir pateikė išvadas, kad bankrutavusiai įmonei buvo sumokėta 712 tūkst. Lt už darbus, kurių ji neatliko. Dalis šių apmokėtų darbų buvo dar kartą įsigyti iš naujojo rangovo. Dėl galimo turto iššvaistymo ir dokumentų klastojimo Vilniaus miesto apylinkės prokuratūra jau yra pradėjusi ikiteisminį tyrimą.
Įvertinę, kaip savivaldybė panaudojo 2009 m. Nacionalinio stadiono statybai skirtus 8,7 mln. Lt, auditoriai nustatė, kad UAB „Vilniaus vystymo kompanija“, mažėjant statybos darbų kainoms, nesiėmė jų perskaičiuoti, nors sutartyje tai buvo numatyta. Auditoriai pažymi, kad praėjusiais metais, nustačius reikšmingus teisės aktų pažeidimus vykdant Nacionalinio stadiono statybos darbus, savivaldybei buvo rekomenduota sukurti tinkamą viešųjų pirkimų vidaus kontrolės sistemą, kuri užtikrintų teisėtą ir racionalų savivaldybei skiriamų lėšų panaudojimą, tačiau savivaldybė iki šiol nesiėmė priemonių ir rekomendacijos neįgyvendino.
Vilniaus savivaldybei 810 tūkst. Lt valstybės biudžeto lėšų buvo skirta Vilniaus tarptautinio konkurencingumo didinimo projektui įgyvendinti. Neparengusi šio projekto, savivaldybė, nesilaikydama Biudžeto sandaros įstatymo nuostatų, šias lėšas pervedė VšĮ J. Meko vizualiųjų menų centrui, kuris beveik 600 tūkst. Lt šių lėšų panaudojo S. R. Guggenheimo fondo parengtai galimybių studijai apmokėti ir pagal sutartį su savivaldybe techninio projekto parengiamiesiems, organizaciniams ir kitiems darbams bei paslaugoms apmokėti. Auditoriai konstatavo, kad sutarties sąlygos neaiškios, nes nenurodyta, kokį techninį projektą vykdant bus apmokamos išlaidos, ir nedetalizuota, kokioms konsultacinėms paslaugoms ir organizaciniams darbams apmokėti skirtos lėšos.
Vertindami mokinio krepšelio lėšų panaudojimą valstybiniai auditoriai konstatavo, kad beveik 2,3 mln. Lt iš valstybės biudžeto skirtų mokinio krepšelio lėšų panaudota ne pagal paskirtį, o mokyklų ūkio išlaidoms apmokėti. Be to, savivaldybės duomenų bazėje pateikti nepatikimi duomenys apie moksleivių skaičių.
Auditoriai taip pat negalėjo nustatyti, ar savivaldybėje beveik 400 tūkst. Lt panaudota pagal paskirtį – skirtumui tarp socialinės globos kainos ir asmens mokėjimo už socialines paslaugas finansuoti, nes pensionai nevertino asmenų galimybių mokėti už teikiamas paslaugas ir šio skirtumo neskaičiavo.
Taip pat konstatuota, kad nuo 2006 m. kurta savivaldybės finansų valdymo ir apskaitos sistema priimta naudoti ne pagal sutartyje nustatytas sąlygas ir tvarką, taip ir neištaisius dalies klaidų, todėl sistema tinkamai neveikia. Nebaigtą kurti programą priėmė šios teisės neturėjęs savivaldybės tarnautojas, ją priimant nedalyvavo nepriklausomas ekspertas, turėjęs įvertinti, ar ji tinkama naudoti. Sistemos klaidoms taisyti gali prireikti papildomų išlaidų.
Vilniaus miesto savivaldybei valstybinėms funkcijoms vykdyti iš valstybės biudžeto 2009 m. buvo skirta per 367 mln. Lt. Valstybės kontrolei pavesta audituoti valstybės biudžeto lėšas, skiriamas savivaldybėms, ir valstybės turto valdymą.