Geležinkeliais gabenama „Mažeikių naftos“ produkcija į Klaipėdos terminalą, esantį maždaug už 100 kilometrų, jais gabenamas eksportas Vakarų Europai ir Jungtinėms Valstijoms.
"Mažeikių nafta" informuoja, kad sutartys, kurių įsigaliojimo data nustatyta 2008 metų spalio 1 diena, pakeičia 1999 metų sutartis dėl pervežimų geležinkeliais paslaugų. 2008 metų spalio mėnesį bendrovės „Mažeikių nafta“ ir „Lietuvos geležinkeliai“ pasirašė laikiną susitarimą, kuris stabilizavo abejų pusių verslo santykius ir sudarė galimybes pradėti derybas dėl 1999 metų sutarties interpretacijos ir dėl bendradarbiavimo sąlygų ateityje.
Nesutarimai dėl 1999 metų sutarties interpretavimo paaštrėjo praėjusių metų trečią ketvirtį ir atsiliepė paslaugų tekimo nesklandumais ir bylomis arbitražo bei kituose teismuose. AB „Mažeikių nafta“ ir AB „Lietuvos geležinkeliai“ tęsia derybas dėl atsiskaitymų už 1999 metų sutarties galiojimo laikotarpį. Naujos sutartys galios iki 2024 metų – tą patį laikotarpį, kuris buvo numatytas 1999 metų sutartyje.