NKP sistema Lietuvoje veikia nuo 2007 m. Pagal šią sistemą pagamintų produktų kokybė pranoksta Europos Sąjungos ir nacionalinių teisės aktų nustatytus šių produktų saugos, gyvūnų ir augalų sveikatos, gyvūnų gerovės ar aplinkosaugos reikalavimus. Jie dėl tam tikrų ūkininkavimo ar gamybos būdų pasižymi ypatingomis savybėmis: natūralumu, maistingumu bei aplinkos tausojimu, rašoma Žemės ūkio ministerijos pranešime spaudai.
NKP sertifikuoja ir jų priežiūrą atlieka akredituota sertifikavimo įstaiga – VšĮ „Ekoagros“.
Šiuo metu yra sertifikuoti 354 ūkio subjektai, tačiau tik pagal dvi specifikacijas (bitininkystės produktų ir vaisių bei daržovių), nors specifikacijos parengtos net 9 maisto produktų grupėms.
Žemės ūkio ministerija užsakė Kauno technologijos universiteto mokslininkams pateikti NKP sistemos tobulinimo rekomendacijas, atsižvelgiant į apklausų rezultatus ir sėkmingus kitų ES šalių pavyzdžius įgyvendinant bei populiarinant nacionalines kokybės sistemas.
Savo pasiūlymus pateikė ir darbo grupės lietuviškos kilmės maisto produkto ženklui sukurti nariai.
Šiuo metu NKP produktai ženklinami specialiu ženklu, kurį sudaro rodykle apjuostas žodis „KOKYBĖ“. Tačiau atlikta vartotojų apklausa parodė, kad vartotojai Lietuvoje neturi pakankamai žinių apie NKP ženklą, jis nėra patrauklus, nedaugelis jį atpažįsta. Socialiniai partneriai pritarė mokslininkų siūlymui ženklą modifikuoti, įtraukiant nuorodą į žaliavų kilmės šalį ir gamybos proceso šalį.
Naujoji dviejų ženklų sistema atspindės ne tik aukštesnę galutinio produkto kokybę, bet ir vietinę jo kilmę. Šie ženklai pasirinkti atlikus vartotojų (ŽŪM Facebook paskyroje) ir darbo grupės lietuviškos kilmės maisto produkto ženklui skurti narių apklausą:
Mokslininkai taip pat siūlo supaprastinti specifikacijas su konkrečiais reikalavimais visai gamybos grandinei, nes jų tikrai per daug ir jie per aukšti. Pavyzdžiui, Latvijoje NKP produktų gamintojai patys tiria savo gaminamus produktus akredituotose laboratorijose. Kilus pagrįstų įtarimų, kad produktas neatitinka nacionalinės maisto kokybės sistemos reikalavimų arba kilus ginčui, atsakinga institucija atrenka valstybinį mėginį tyrimui. Socialinių partnerių teigimu, tokie supaprastinimai leistų daugiau gamintojų įsijungti į NKP sistemą.
Ateityje planuojama patvirtinti ir naujas NKP specifikacijas bei papildyti naujomis produktų grupėmis jau esamas. Daugiau produktų – daugiau galimybių NKP žinomumui didinti. Šiuo metu Lietuvoje yra patvirtintos šios specifikacijos: bitininkystės produktų ir mišinių; grūdų produktų ir duonos, pyrago kepinių bei miltinės konditerijos gaminių; mėsos ir jos gaminių; paukštienos; pieno ir jo gaminių; šviežių vaisių ir daržovių, taip pat jų perdirbtų produktų; vištų dedeklių kiaušinių; cukrinės konditerijos ir šokolado gaminių; giros.
Planuojama, kad NKP sistemos ir lietuviško kokybės ženklo populiarinimas bei viešinimas ne tik Lietuvos, bet ir eksporto rinkose, būtų pavestas VšĮ „Kaimo verslo ir rinkų plėtros agentūra“. Agentūra savo ruožtu siūlo kartu su NKP populiarinti ir kitų kokybės sistemų ženklus: ES lygiu registruotų saugomų nuorodų, ekologiškų produktų, sertifikuotų tautinio paveldo produktų.