LVAT kreipėsi į teismo pirmininką su siūlymu sudaryti išplėstinę teisėjų kolegiją šios bylos nagrinėjimui ir iš naujo pradėti nagrinėti bylą.
Birželio pabaigoje Vilniaus apygardos administracinis teismas, išnagrinėjęs atnaujintą administracinę bylą pagal J. Miliaus skundą dėl atleidimo iš VMVT vadovo pareigų, birželio pabaigoje paskelbė, kad iš pareigų jis atleistas teisėtai.
J. Milius prašė teismo panaikinti Vyriausybės 2016 m. rugsėjo 28 d. nutarimą, kuriuo buvo atleistas iš VMVT direktoriaus pareigų, pripažinti jį neteisėtu, grąžinti jį į buvusias pareigas ir išmokėti darbo užmokestį už visą priverstinės pravaikštos laiką.
Nagrinėjant šią administracinę bylą, Vilniaus apygardos administraciniam teismui kilo abejonių dėl J. Miliaus atleidimo iš pareigų aplinkybių. Todėl buvo kreiptasi į Konstitucinį Teismą su prašymu ištirti, ar Vyriausybės pasitarimo protokolo klausimas ir jo pagrindu priimtas Vyriausybės nutarimas atleisti J. Milių iš pareigų neprieštarauja Konstitucijos nuostatoms, konstituciniam teisinės valstybės principui ir Vyriausybės įstatymui.
Kovą Konstitucinis Teismas konstatavo, kad buvusio VMVT direktoriaus J. Miliaus atleidimas iš tarnybos vadovo pareigų neprieštaravo Konstitucijai ir Vyriausybės įstatymui.
J. Milius, Vyriausybės sprendimu, iš pareigų atleistas nuo 2016 m. spalio 5 d.
Paties J. Miliaus teigimu, jo atleidimą lėmė politiniai motyvai, o Vyriausybė jo ataskaitos realiai nenagrinėjo, svarstymo metu pasitarime nebuvo visų Vyriausybės narių.
J. Milius 2016 m. vasarą sulaukė tyrimų dėl galimo piktnaudžiavo tarnyba ir dokumentų klastojimo. Įtarta, kad buvęs tarnybos vadovas, veikiamas Seimo nario Petro Gražulio, siekė nuslėpti įmonėje „Judex“ rastus sanitarinius pažeidimus. Taip pat buvo susidomėta J. Miliaus dalyvavimu medžioklėje ir vakarienėje kartu su tuomete žemės ūkio ministre Virginija Baltraitiene, Latvijos žemės ūkio ministru ir verslininkais.
VMVT dabar vadovauja Darius Remeika.