Žuvims augant, vystantis, jų kvėpavimo aparatas keičiasi. Daugumos žuvų lervutės ir ankstyvų stadijų mailius savo trynio maišeliuose, krūtinės pelekuose, galvoje, žiaunų dangteliuose, o kai kurių rūšių ir visame kūno paviršiuje turi daugybę kraujo indų, kurie deguonį gauna tiesiai iš vandens. Palaipsniui vystosi kvėpavimas žiaunomis. Krūtinės pelekai turi svarbią reikšme per visą žuvų gyvenimą, nes padeda ventiliuoti kvėpavimo sistemą.
Tačiau ryklių krūtinės pelekai negali daryti kvėpavimo judesių. Rykliams, kaip ir kai kurioms kitoms greitoms žuvims, būdingas pasyvus kvėpavimas. Pavyzdžiui, kai ryklys Carcharios sp. plaukia greičiau, nei du metrus per sekundę, jo nasrai praverti ir vanduo, tekantis per juos, plauna žiaunų ertmę ir tuo būdu duoda deguonies.
Šis ryklys aktyviai kvėpuoja tik labai lėtai plaukdamas. Kiti stambūs greiti rykliai neišgyvena mažuose baseinuose, nes čia jie negali greitai plaukti, taigi ir tinkamai kvėpuoti. Jie greit apsnūsta ir žūsta uždusę.
Žuvų kvėpavimo sistemos labai įvairios. Pavyzdžiui, miksinų žiaunos su burna nesujungtos, nes šių parazituojančių žuvų burna skirta prisisiurbti prie kitos žuvies kūno. Į žiaunas vanduo patenka per nosį.
Žuvų žiaunos dirba tik vandenyje. Sausumoje iš jų vanduo išteka, žiaunos apdžiūna ir sulimpa. Silkės ir plačiakakčiai tokiais atvejais žūsta beveik iš karto, ne ką ilgiau gyvena upėtakiai, lašišos, starkiai.
Karosų ir sazanų žiaunų dangteliai tvirtai užsidaro, todėl šios žuvys šlapioje žolėje keletą valandų gali išbūti gyvos. Reikalas tas, kad jos naudoja palyginti nedaug deguonies, ir „išsijungus“ žiaunoms, jo gauna per odos paviršių. Kvėpavimas oda tam tikru laipsniu būdingas eršketinėms žuvims, lydekoms. XIX amžiuje turtingiems pirkliams neretai atgabendavo gyvų eršketų, nors tekdavo vežti bent keletą parų. Žuvims į burną įdėdavo konjake ar spirite sumirkytus vatos gabalėlius. Apgirtę žuvys apsnūsdavo ir kuo puikiausiai išlaikydavo ilgą kelionę. Gyvos sterlės carų stalą pasiekdavo po 3 – 5 parų kelionės – jas veždavo krepšiuose su drėgnomis samanomis.
Šaltyje be vandens ilgokai gyvybingos išbūna lydekos. Jeigu suvyniojamos į standų popierių, kartais gali „atgyti” net po 3 valandų. Puikiai išvystytas ungurių kvėpavimas oda, todėl jie gali po keletą parų ištverti be vandens ir sėkmingai peršliaužti sausuma iš vieno vandens telkinio į kitą. Net ir mūsų karosai dėl aktyvaus kvėpavimo oda po metus ir daugiau gali išgyventi įsirausę išdžiūvusių ežerų dugnan. Tai – gana dažnas reiškinys Šiaurės Kazahstane, kur yra daug benuotakinių ežerų, karštomis vasaromis visai išdžiūstančių.
Vijūnai taip pat turi papildomo kvėpavimo sistemą – tai žarnynas. Įsiurbdamas orą, vijūnas jį varo i žarnas, kuriose yra labai daug kraujo indų, paimančių deguonį. Vijūnai irgi gali ilgai gyventi išdžiūvus vandens telkiniui, įsirausę per 30 – 40 centimetrų į dumblą.
Atmosferos orą tiesiogiai gali siurbti kai kurios mūsų žuvys – lynai, karosai, karpiai. Tada mes girdime savotišką čepsėjimą, sklindanti iš vandens augalų sąžalynų. Tačiau tai – priverstinis kvėpavimo būdas, jis rodo, kad vandenyje deguonies balansas smarkiai pablogėjęs.
Bet kai kurioms atogrąžų žuvims kvėpavimas atmosferos oru – normalus dalykas. Pavyzdžiui, labirintinės žuvelės virš nosies turi specialią ertmę kurioje yra daugybė kraujo indų. Net ir tada, kai vandenyje pakanka deguonies, jos reguliariai kyla paviršiun įkvėpti oro.
Iš visų žuvies organų bene įvairiausias funkcijas atlieka plaukiojamoji pūslė. Ji gali būti ir kvėpavimo ir klausos, ir garsų skleidimo organu, ir plaukiojimo reguliatoriumi. Kaip rodo vystymosi istorija, ši pūslė atsirado iš gleivingo žarnos apvalkalo. Pačioje pradžioje pūslė, atrodo, buvo tik kvėpavimo organu, mat hidrostatinė jos reikšmė atsirado tik vėlyvesnėse, kaulėtosiose žuvyse.
Kai kurioms rūšims, pavyzdžiui, atogrąžų šamukams Doros sp., plaukiojamoji pūslė ir šiandien yra kaip plaučiai. Todėl šios žuvys nesunkiai keliauja sausuma, pasispirdamos uodegomis iš išdžiūvusių vandens telkinių į vandeningus. Stambiausios gėlųjų vandenų žuvys arapalmos, gyvenančios Amazonės baseine, irgi kvėpuoja pūsle, labai panašia į sausumos žinduolių plaučius. Toji pūslė akyta, susideda iš dviejų dalių, teka arterinis ir venų kraujas.
Specialistai tvirtina, kad sausumos gyvūnai atsirado prie įšildomų vandenų, kur trūko deguonies ir kur geresnėje padėtyje atsidūrė vandens gyvūnų formos, kurios galėjo kvėpuoti atmosferos oru. Patys pirmieji tokio kvėpavimo organai buvo oda ir plaukiojamoji pūslė, iš kurios vėliau išsivystė plaučiai. Devono periode (prieš 320 – 400 milijonų metų) labai paplito dvejopai kvėpuojančios, taip pat riešapelekės žuvys. Vienų ir antrų galūnės jau buvo pritaikytos ne tik plaukioti, bet ir šliaužioti sausumoje. Tačiau tam, kad stuburiniams kaip reikiant pavyktų įsitvirtinti sausumoje, turėjo praeiti dar 200 milijonų metų.