Manoma, kad vidinė šventykla stovi dar nuo III a. ir yra labiau vertinama nei išorinė šventykla – žmonės tiki, kad būtent joje saugomas Šventasis imperatoriaus veidrodis.
Įdomu tai, kad Naiku ir Geku šventyklos bei Udži tiltas perstatomi kas dvidešimt metų – ši tradicija tęsiasi jau 1300 metų. Tradicija perstatyti šias šventyklas yra šintoistinio tikėjimo apie gamtos mirtį bei atsinaujinimą ir visų daiktų laikinumą dalis. Tai taip pat būdas būsimoms kartoms perduoti šventyklų statybos įgūdžius bei techniką.
Plačiajai visuomenei neleidžiama prieiti prie šventyklų, kurias nuo akių slepia centrinių statinių šiaudiniai stogai, esantys už keturių medinių tvorų.
Pagrindinės šventovės atstatomos greta senųjų, ir kiekvienos statybos paeiliui vyksta tarp šių dviejų vietų. Pirmiausia išardomos senosios šventyklos ir gretimame žemės plote pagal tikslius ir griežtus reikalavimus pastatomos naujos. Taip pastatai amžinai išlieka nauji, bet originalūs. Paskutinis perstatymas vyko 2013 metais ir buvo jau 62-asis. Kitą kartą šventyklas planuojama perstatyti 2033 metais.
Prieš atstatant šventyklas, šios ypatingo įvykio proga rengiamos įvairios šventės. Per Okihiki šventę, kuri vyksta pavasarį dvejus metus iš eilės, iš aplinkinių miestų atvykę žmonės miesto gatvėmis tempia didžiulius medinius rąstus. Šie rąstai ruošiami iš japoniškų kiparisų, kurie kertami šventame miške, supančiame abi šventyklas. Galiausiai jie panaudojami naujųjų šventyklų statyboms. Norint pastatyti naują pastatą, tenka iškirsti net 10 000 kiparisų. Kai kuriems iš šių medžių būna daugiau kaip 200 metų.
Atstatymo išlaidos taip pat yra milžiniškos. Kiekvienas atstatymas kainuoja maždaug pusę milijardo JAV dolerių. Lėšos statyboms gaunamos iš mokesčių mokėtojų pinigų ir privačių aukų, įskaitant verslo lyderių ir karališkosios šeimos narių paaukotus pinigus. Visas atstatymo ritualas trunka mažiausiai aštuonerius metus.
Tradicija kas dvidešimt metų atstatyti šventyklas gimė dar senovėje, kai žmonės kas 20 ar 30 metų nugriaudavo ir atstatydavo senas klėtis javams. Šios klėtys turėdavo ant medinių polių pakeltas grindis ir šiaudinį stogą. Pakeltos grindys saugodavo nuo vabzdžių ir vandens, o šiaudinis stogas, nuo lietaus vandens suslėgdavo sienas, veiksmingai užsandarindamas vidų ir apsaugodamas nuo drėgmės. Ilgainiui stogas ir stulpai imdavo pūti, todėl žmonės seną klėtį nugriaudavo ir pastatydavo naują grūdų saugyklą. Toks periodiškas šių statinių atstatymas veikiausiai tapo įprastu reiškiniu, todėl, galiausiai, buvo pradėtos rengti ir Isės šventyklų atstatymo ceremonijos.
