2018 m. sausio viduryje atliktas instituto auditas nustatė, kad institutas neįvykdė finansinių įsipareigojimų grąžinti į valstybės biudžetą netinkamai panaudotas lėšas, kai šis pažeidimas buvo nustatytas 2015 m. atlikto audito metu. Tuo metu institutas netinkamai panaudojo lėšas, skirtas vidaus struktūros pertvarai, optimizuojant mokslo darbuotojų personalą ir atnaujinti mokslininkų darbo vietas. LKI buvo įsipareigojęs per 3 metus į valstybės biudžetą grąžinti 47,7 tūkst. eurų dalimis po trečdalį sumos kasmet. Tačiau atlikus šiemetinį auditą, nustatyta, kad Institutas per 2017 m. grąžino tik 30 proc. metinės sumos (4840 Eur).
LKI direktorė Elena Jolanta Zabarskaitė, neatsižvelgdama į 2017 m. pradžioje atlikto audito pateiktas pastabas dėl kitų direktorės sudarytų darbo sutarčių ir jos darbo laiko nederinimo su ministerija, be ministerijos, kaip darbdavio, žinios, 2017 m. papildomai įsidarbino Instituto vykdomame EK finansuojamame projekte „eTranslation TermBank“ kaip projekto vadovė ir vyriausioji specialistė.
Audito metu konstatuoti pažeidimai planuojant ir vertinant instituto veiklą. Instituto veiklos planavimo dokumentai buvo tvirtinami direktoriaus įsakymais be LKI Mokslo tarybos pritarimo. Nerasta įrodymų, kad LKI Mokslo taryba būtų vertinusi, kaip institutas įgyvendina savo tikslus ir uždavinius.
Audito metu fiksuoti pasikartojantys pažeidimai nustatant darbo užmokestį, kai vienodas pareigas Institute einantiems mokslo darbuotojams taikomi nepagrįstai skirtingi darbo užmokesčio koeficientai. Pavyzdžiui, vieniems vyriausiesiems mokslo darbuotojams nustatytas darbo užmokesčio koeficientas - 8,84, kitiems - 7,35.
2018 m. LKI auditas atliktas siekiant patikrinti, kaip institutas taiso ankstesnių auditų metu nustatytus pažeidimus. Direktorė E. J. Zabarskaitė dėl audito metu rastų pažeidimų įspėta ir informuota, kad darbo sutartis su ja gali būti nutraukta, jei per dvylika mėnesių antrą kartą bus nustatyti tokie pat darbo pareigų pažeidimai.
Ministerija institute kovo 19 d. pradėjo dar vieną - instituto veiklos ir finansinį - auditą. Šio audito metu bus tikrinami 2017 m. ir 2018 m. veiklos ir finansiniai dokumentai.