Velionis gimė 1935 m. rugpjūčio 1 d. Klaipėdoje, mokėsi Kauno „Aušros“ berniukų gimnazijoje, 1959 m. baigė studijas Kauno medicinos institute, dirbo šio instituto Patologinės anatomijos katedros asistentu, vėliau – docentu, apgynė medicinos daktaro disertaciją. Paskelbė per 70 mokslinių publikacijų, medicininių tyrinėjimų.
J. Čeponis, puikus anglų ir prancūzų kalbų žinovas, dar 1990 m. pradėjo versti nedidelės apimties kūrinius, kuriuos skelbė periodikoje. Nuo 2000 metų jis dirbo tik literatūros vertėjo darbą, išvertė daugybę užsienio klasikų ir nūdienos autorių prozos ir dramos kūrinių, surasdavo savitų, originalių, Lietuvos skaitytojui nežinomų rašytojų. Įspūdingas jo verstų veikalų sąrašas, siekiantis per 120 pavadinimų. Tarp jų – anglų autoriai E. Segalas, J. Grisham, Jerome K. Jerome, S. Kingas. Iš prancūzų kalbos vertėjas išvertė A. Kamiu, A. Diuma, Larousse enciklopedijos „Jie kūrė pasaulio istoriją“ du solidžius tomus. Paminėtinas ir J. Potockio „Rankraštis, rastas Saragosoje“ vertimas.
Visiems J. Čeponio vertimams būdingas meistriškumas, ypatingai gilus ir atsakingas kalbos jausmas, tinkamos išraiškos ir subtilių niuansų paieška bei perteikimas. Jo reiklumas, darbštumas, gilinimasis į skirtingų autorių stilių, tinkamiausių atitikmenų suradimas, išlaikant kūrinio esmę ir prasmingumą – bene svarbiausi jo verstų kūrinių bruožai. Jonas Čeponis, be abejonės, buvo vienas profesionaliausių mūsų vertėjų, savo darbo pasišventėlis, Rašytojų sąjungos ir Literatūros vertėjų sąjungos narys.
„Kolegos prisimins jį kaip ypatingai kuklų, niekada savo pasiekimais nesigiriantį bičiulį, visada pasidžiaugiantį kitų darbais ir sumanymais. Užjaučiame velionio žmoną Niną, dukras Ingridą, Euriką ir Rūtą su šeimomis, artimuosius, kolegas ir bičiulius“, – skelbiama Rašytojų sąjungos pranešime.
Šv. Mišios už velionį vyks gruodžio 12 d., šeštadienį, 8 val. Kauno Šv. Antano Paduviečio bažnyčioje (Radvilėnų pl. 11). Jonas Čeponis bus palaidotas šeimos kape, Romainių pirmosiose kapinėse.