Uždarius vienuolyną, imtasi Kražių Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčios ir naikinti kapines. Į kražiškių prašymus carinė administracija nekreipė dėmesio, bet griovimo klausimą nukėlė į kitų metų rudenį. Lapkričio 21 dieną vadovauti bažnyčios uždarymui į Kražius atvyko Kauno gubernatorius Nikolajus Klingenbergas su keliais valdininkais, 70 policininkų ir žandarų. Gubernatorių tikintieji sutiko su caro ir carienės portretais, prašė bažnyčios uždarymą atidėti, kol bus gautas caro atsakymas. N. Klingenbergas įsakė policininkams išvaryti iš bažnyčios žmones, kurių ten buvo apie 400. Kražiškiai pasipriešino ir policininkus nugalėjo.
Lapkričio 22-osios rytą iš Varnių atvykę Rusijos imperijos kariuomenės kazokai įveikė tikinčiųjų barikadas ir išvadavo bažnyčios palėpėje užsibarikadavusį gubernatorių. Jo įsakymu 16 žmonių buvo nuplakta, kazokams leista siaubti miestelį ir gretimus kaimus. Dėl atgarsio apie įvykius caras Nikolajus II turėjo švelninti bausmes: vieniems bažnyčios gynėjams katorgą pakeitė kalėjimu, kitiems bausmes panaikino.
Iškart po įvykių buvo renkama informacija apie aukas. Keletas kunigų žemaičių vyskupui pateikė labai skirtingus duomenis. Anot vieno kunigo, aukų nebuvo, anot antrojo – vienas kitas galbūt ir buvo sužeistas, o trečiasis parašė, kad ginant bažnyčią žuvo šimtai žmonių. Iš tikrųjų žuvusių ir sužeistų buvo ne vienas. Žinoma, jog nuo kazokų smurto ir žaizdų mirė 9 žmonės ir apie 50 buvo sužeista. Visgi įvykę tyrę istorikai dr. Darius Staliūnas ir dr. Dangiras Mačiulis paradoksaliai teigia, jog Kražių skerdynės buvo skerdynės, kuriose niekas nežuvo. Bent jau ne bažnyčios gynimo naktį – visos aukos nuo sužeidimų mirė vėliau.
Kai kurie Kražių bažnyčios gynimą laiko 1794, 1831, 1863 metų sukilimų tradicijos tąsa. Šis pasipriešinimo rusifikacijos politikai aktas išties sustiprino anticarines Lietuvos gyventojų nuotaikas, žadino užsienyje gyvenančių lietuvių tautinę savimonę. Vakarų Europos, JAV ir liberalioje Rusijos imperijos spaudoje buvo paskelbta tokius caro valdžios veiksmus smerkiančių tekstų.
Nors Kražių Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia ir buvo uždaryta, ji nebuvo nugriauta, kaip buvo planuota. Po septyniolikos metų, 1910-aisiais, ji vėl atvėrė duris tikintiesiems.
Šiam įvykiui atminti skirtas Vytauto Didžiojo karo muziejaus meno rinkinyje saugomas dailininko Zigmo Petravičiaus (1862–1955) paveikslas „Kražių skerdynės“, nutapytas 1939 metais.
Vytauto Didžiojo karo muziejaus informacija