Šiuo metu veikianti nuolatinė S. Bako kūrybos ekspozicija pristato dailininko gyvenimo ir kūrybos patirtis, aprėpiančias ne vien meną, bet ir Holokausto atmintį, empatijos ir žmogiškumo ugdymą. Per menininkui svarbius simbolius jis kalba apie viltį – atsitiesimą po harmoningo pasaulio griūties, apie galimybę ir asmeninę atsakomybę iš naujo sukurti geresnį pasaulį. Padalinio nuolatinėje ekspozicijoje „Išsigelbėjęs Lietuvos žydų vaikas pasakoja apie Šoa“ pasakojama ir S. Bako išsigelbėjimo istorija, skelbiama pranešime žiniasklaidai.
Samuelio Bako muziejuje didžiausias dėmesys bus skiriamas litvakų menui, tačiau bus tęsiamos ir visos ligtoliniam Tolerancijos centrui įprastos veiklos, rengiamos paskaitos, filmų peržiūros, diskusijos šiuolaikinei visuomenei aktualiomis temomis. Samuelio Bako muziejaus moto – „Menas kuria toleranciją“ – yra pagrįsta ir viena iš naujausių muziejaus iniciatyvų, kurią sudaro keli šį pavasarį pristatyti projektai: pažintinis ir virtualus Samuelio Bako kelias Vilniuje ir interaktyvi dailininko kūrybos pažinimo svetainė.
2021 m. birželį Samuelio Bako muziejus pakvies į dvi naujas laikinas parodas: parodoje „Kitokia Gurtlitt“ bus pristatyti dar niekur neeksponuoti vokiečių ekspresionistės Cornelios Gurlitt darbai iš Berno vaizduojamojo meno muziejui (Šveicarija) perduotos „Gurlittų lobio“ kolekcijos, o paroda „Piešiniai be pavadinimų“ skiriama vilnietės grafikės Adasos Skliutauskaitės 90-mečiui.