Vidaus vandens kelių direkcija prižiūri vidaus vandens kelius, valo vandens vagas, jas reguliuoja, ženklina farvaterį, vykdo hidrografinius darbus.
Vidaus vandens kelių direkcija eksploatuoja Karaliaus Vilhelmo kanalo ruožą nuo Minijos iki Drevernos upės. Informacija apie jo būklę žinoma. Atlikti batimetriniai matavimai, padaryti kanalo pylimų nuo Minijos iki Drevernos upės skenavimo darbai su lazerine sistema Lidar, nustatyti pylimo aukščiai, augmenijos situacija. Analogiški darbai atliekami ir likusioje kanalo dalyje nuo Drevernos iki Klaipėdos.
Įplaukimas į Vilhelmo kanalą reikalavo valymo. Dar gegužės pabaigoje buvo vykdomi valymo darbai ties Lankupių šliuzu iki Minijos upės. Šiame 150 m ilgio kanalo ruože buvo susidariusi sekluma, dėl jos net ir mažos grimzlės laivai sunkiai galėjo praplaukti – gylis buvo tik apie 0,5 m. Šiuo metu šiame ruože, kaip ir visame kanale, užtikrinimas ne mažesnis kaip 1-1,5 m net ir sausringu laikotarpiu. Kitas VVKD žingsnis – kanalo krantuose esančių išvirtusių medžių šalinimas, kanalo gylio stebėjimas ir informacijos laivavedžiams teikimas, o esant seklumoms, – jų šalinimas.
Kad Vilhelmo kanalu laivyba vyktų saugiai ir intensyviai, <…> reikalinga ir valstybės parama, t. y., finansavimas bei politiniai sprendimai dėl Klaipėdos III vandenvietės iškėlimo. Natūra 2000 teritorija, žinoma, taip pat įpareigoja laikytis itin griežtų reikalavimų. Atkreipiame dėmesį, kad laivyba vykdoma kanalo viduriu, aplinkos ministro nurodymu juo galima plaukioti tik mažiausiu savaeigės plaukiojimo priemonės greičiu. Direkcija įrengė laivų plaukimo greitį ribojančius ženklus (5 km/h). Tai padaryta ne tik dėl prasilenkiančių laivų saugumo, bet ir dėl poveikio krantams mažinimo.
VVKD įsitikinusi, kad Vilhelmo kanalo panaudojimas perspektyvus. Jau dabar galima laivyba maršrutu Atmata-Minija-Karaliaus Vihelmo kanalas-Dreverna-Kuršių marios-Atmata, o perspektyvoje, iškėlus Klaipėdos III vandenvietę ir atvėrus išplaukimą į Klaipėdą, jo svarba laivybai dar labiau išaugtų.