Dar 2002-aisiais, finansuojant vokiečių Ebelinos ir Gerdo Bucerius fondui „Zeit“ ir Kultūros paveldo departamentui, sinagogų komplekse buvo atlikti istoriniai-menotyriniai tyrimai bei kreiptasi į Varšuvos archyvus, siekiant, kad restauruoti pastatai atitiktų buvusią istorinių pastatų išvaizdą. Atliktų tyrimų pagrindu buvo parengti projektai, iš kurių, dėl lėšų stygiaus, deja įgyvendintas tik vienas – 2004 m. dalinai restauruota žieminė sinagoga, atlikti išorės fasadų, stogo, pamatų restauravimo darbai, sutvarkytos pastato konstrukcijos. Šiuo metu žieminėje sinagogoje rengiami meniniai pasirodymai, tačiau pastoviam veiklos vykdymui pastatas nėra pritaikytas, nes vidus įrengtas nepakankamai, rašoma Kultūros paveldo departamento pranešime spaudai.
2014 m. VĮ „Lietuvos paminklai“ parengė Talmudo mokyklos kapitalinio remonto ir restauravimo projektą. Buvo numatyta mokykloje įsteigti turizmo informacijos centrą, pirmojo aukšto patalpas pritaikant lankytojų priėmimui, o antrojo – iš toliau atvykusių lankytojų laikinam apgyvendinimui. 2016 metais kapitalinio remonto projektas buvo parengtas ir žieminei sinagogai, tačiau dėl didelės įgyvendinimo sąmatos, abu projektus teko sustabdyti.
2015-aisiais pasirodė VĮ „Lietuvos paminklai“ rengta studija, kurioje buvo pateikti trys Kalvarijos sinagogų komplekso vasarinės sinagogos išsaugojimo variantai. Ši sinagoga seniausias ir architektūrine prasme turtingiausias pastatas. Jo medinė struktūra panaši į medinių barokinių sinagogų struktūrą, t.y. centre – vyrų salė, o iš trijų pusių siauri priestatai skirti moterims. Tiesa, sinagoga XIX a. buvo rekonstruota, nugriauti priestatai ir vyrų salės dalyje, virš prieangio įrengta galerija (antro aukšto lygyje) moterims. Pastatas apie 15 metų stovėjo be stogo, tad buvo labai smarkiai pažeistos viršutinės vyrų salės sienų dalys, karnizai, bima, aron-kodešas, moterų balkonas su laiptais bei langų angos. Taigi, siūlyti trys sinagogos išsaugojimo sprendiniai apėmė nuo maksimalaus iki minimalaus atkūrimo varianto.
Maksimaliu variantu būtų buvęs atstatomas istorinis keturšlaitis stogas, pereinantis į dvišlaitį, dengiant jį molio čerpių danga. Atkuriami barokinio stiliaus langai ir durys bei kiti architektūriniai elementai. Jeigu pirmuoju variantu buvo numatytas čerpinis stogas, tai antruoju (vidutiniu), dėl mažesnių kaštų stogą planuota dengti skarda. Trečio – minimalaus varianto sprendiniai turėjo išlikusias barokinio pastato sienas bei kitus autentiškus elementus apsaugoti nuo sunykimo, esant atmosferos poveikiui. Apibendrinant galima sakyti, kad trečiojo varianto tikslas - likusi pastato dalis turėtų būti saugoma kaip eksponatas, o sprendiniai įgalintų išlaikyti tai, kas išlikę, nuo galutinio sunykimo.
Prieš dvejus metus į Nekilnojamųjų ir kilnojamųjų kultūros vertybių išsaugojimo darbų finansavimo tvarkos aprašą įvedus nuostatą, teigiantį, jog religinių bendruomenių ir vietos savivaldos institucijų pateiktos paraiškos dėl sakralinių objektų tvarkybos darbų projektų parengimo finansavimo gali būti finansuojamos iki 100 procentų, sinagogų tvarkybos darbų procesas pajudėjo, nes savivaldybei nebereikėjo finansiškai prisidėti prie vykdomų darbų. 2018 metais buvo pateikta paraiška finansuoti vasarinės sinagogos išsaugojimo darbus iš Kultūros paveldo departamento įgyvendinamos paveldotvarkos programos ir šiems darbams skirti 68 000 eur.
Pernai pradėti įgyvendinti 2016 metais VĮ „Lietuvos paminklai“ parengto vasarinės sinagogos tvarkybos (avarinės grėsmės pašalinimo, konservavimo) projekto sprendiniai panašūs į minimalaus varianto studiją - siekiama pastatą konservuoti, apsaugant jį nuo tolesnio nykimo. Darbai apima medinių stulpų įrengimą pastato viduje, medinių stogo konstrukcijų įrengimą, langų ir karnizo užmūrijimą apsaugant nuo kritulių patekimo ir kita.
Pirmasis iš darbų buvo išvalyti statybinį laužą iš pastato, kurio per daugelį metų buvo susikaupę gana daug, ir pašalinti savaiminius želdinius. Kadangi pastato būklė buvo avarinė prie pastato prieiti, o juo labiau patekti į vidų buvo labai pavojinga. Pradėjus darbus buvo bijota, kad pajudinus mūrą nebūtų atskirų pastato dalių griūties. Sienos mišraus akmenų – plytų mūro, didelę dalį jų sudaro nemažos apimties akmenys, daugelyje vietų virš langų jie atrodė vos laikosi. Bet išvalius pastato vidų atsivėrė įspūdingas vaizdas: viduje sienas į tris plokštumas skaido piliastrai, išlikę du bimos stulpai, polichromijos fragmentai. Žvelgiant į pastatą iš išorės sunku patikėti, kad jo vidus toks įspūdingas. Žinoma praradimų būta. Du iš keturių bimos stulpų nugriuvę. Kartu išgriuvusios ir trys arkos jungiančios kolonos.
Pradėjus pastatą konservuoti pastebėta, kad defektų yra ir daugiau: stipriai suskilusios sienos, vietomis mūras visiškai išdūlėjęs. Tad 2019 metais vėl kreiptasi į Kultūros paveldo departamentą skirti papildomą finansavimą pastato avarinei būklei likviduoti. Kultūros paveldo departamentas iš 2020 metų paveldotvarkos programos skyrė 19 000 eur., tad Kalvarijos miesto vienas iš gražiausių pastatų 2020 metais bus baigtas konservuoti.
Šiuo projektu, kaip jau minėta, siekiama apsaugoti unikalų architektūros kūrinį nuo tolesnio irimo. Kiek žinoma, laisvai patekti į sinagogos vidų nebus galima ir po atliktų avarinės grėsmės šalinimo darbų. Deja pastatas nebus pritaikytas nuolatiniam turistų lankymui. Tačiau, tikimasi, jog tam tikromis progomis juo bus galima pasigėrėti ir iš vidaus, klausant istorijų apie čia buvusias religines praktikas ir turimas žinias pagrindžiant regimu vaizdu. Visgi vilties, kad ateityje visas kompleksas įgaus nuolatinę veiklą ir taps dar vienu lankytojų traukos objektu, yra.