Kybartų miesto atsiradimo istorija įvardinama, kaip nesusipratimas. Caro imperijos inžinieriai, tiesdavę geležinkelio linijas, buvo labai korumpuoti. Iš miestelių reikalaudavo kontribucijos. Tačiau Virbalis nesutiko jos mokėti. Todėl „vokzalas“ išdygo už trijų kilometrų Kybartuose.
Pirmieji Kybartų naujakuriai buvo geležinkeliečiai plušę prie stoties statybos darbų. Jiems nuvykti į Virbalį buvo per toli. O aplink būsimą stotį buvo plynas laukas. Netrukus tame lauke vienas po kito pradėjo dygti nedideli nameliai. Ištisos jų kolonijos. Vėliau į Kybartus atvyko caro muitinės, pasienio apsaugos valdininkai. Jie pirko sklypus, statėsi jau prabangesnius, mūrinius namus.
Virbalio miestelio vardu pavadinta stotis Kybartuose pradėjo veikti 1895 m. Kybartai tapo svarbiausias transporto taškas, jungiantis Rusijos ir Vokietijos imperijas. Prasidėjo intensyvi prekyba. Per parą pravažiuodavo apie 50 keleivinių ir prekybinių vagonų. Dieną naktį judėjo ištisos žmonių ir darbininkų minios. Vokietijos geležinkelio bėgiai buvo siauresni, todėl visos prekės atvežtos iš vakarų buvo iškraunamos Virbalio stotyje. Norėdami uždirbti iš visų Lietuvos miestų vyrai migruodavo į Kybartus. Buvo milžiniški muitinės kontrolės sandėliai. Saugomų prekių vertė siekdavo iki 3 milijonų rublių. Vienu metu mieste gyveno apie 10 000 tūkstančių žmonių.
Veikė trys restoranai, keleivių laukiamieji peronai, paštas, telegrafas, miegamieji kambariai, nedidelė medicinos palata. Stoties viduje pažvelgus aukštyn atsiverdavo dangus. Lubos ir stogas buvo pagaminti iš stiklo. Virbalio stotis buvo didžiausia Lietuvoje, ir antra pagal dydį visoje Rusijos imperijoje. Perono grindinį išraižė profesionalūs menininkai.
Tuometinėje spaudoje buvo teigiama, kad kybartiečiai „stačiai lobte lobo“. Paprasti žmonės statėsi trobas, vilas, ar net rūmus. Kybartai tapo judriausiu kontrabandos pasienio punktu. Tuo vertėsi visi, bet daugiausia caro muitinės ir pasienio apsaugos korpuso valdininkai. Tvirtinama, kad iki pirmojo pasaulinio karo pradžios iš kontrabandos gyveno visas miestelis. Pabrėžiama, kad „kybartiečius labai sunku atpratinti nuo kontrabandos“. Dažniausiai gabenamos prekės – šilkas ir aksomas, buvo slepiami po drabužiais. Žydas, Fiškė Braunas nelegaliai per sieną pravesdavo ištisus būrius nuo caro kariuomenės besislapstančių lietuvių. Tuometinė spauda jį įvardina, kaip „vietinę įžymybę“, kuris užsiėmė „žmonių eksportu į Ameriką“. Lietuviškos spaudos draudimo laikotarpiu, Kybartai tapo svarbiausiu pasienio punktu jungusiu Lietuvą su Karaliaučiuje gyvenusiais lietuviais.
Rusijos caras Nikolajus II ir Vokietijos imperijos kaizeris Vilhelmas II buvo pusbroliai. Jų valdomos imperijos – kaimyninės šalys. Kybartuose nuolat stovėdavo asmeninis caro „ekstra klasės traukinys“ pagamintas iš plieno. Antrajame stoties aukšte buvo du karališki miegamieji kambariai. Caro šeimos apartamentuose stovėjo iš dramblio kaulo pagamintas biliardo stalas. Vonios – iš japoniško porceliano. Visa Petrapilio(dab. Sankt Peterburgo) grietinėlė į vakarų Europą vykdavo tik per Virbalio stotį.
Kai caras atvykdavo į Kybartus visas miesto gyvenimas apsiversdavo aukštyn kojom. Virbalio stotį ir peroną juosdavo kelios kareivių „špalerių“ eilės. Mieste žygiuodavo dideli apsaugos būriai. Nuo caro nesitraukdavo ir gvardijos kuopa, kurios pagrindinė užduotis buvo garbės sargyba. Gyventojai „ jo ciesorišką didenybę“ matydavo tik iš toli. Paskutinį kartą Virbalio stotyje jis viešėjo 1913 m. Keliavo į savo pusbrolio kaizerio Vilhelmo II sesers vestuves Potsdame. Tai buvo paskutinė jo kelionė į vakarus.
Pirmoji auka pirmajame pasauliniame kare tapo Kybartai. Čia krito pirmosios granatų salvės, pavertusios Kybartus griuvėsių krūva. Miestas skendėjo liepsnose ir dūmuose. Karas ir vokiečių okupacija Kybartus grąžino 70 metų atgal. Daugelis pastatų buvo sunaikinti, tačiau Virbalio stotis išliko. Buvo vėl statomi viešbučiai, prekybos ir pramonės įmonės, bankai. Pradėjo dygti valdininkų kontoros, įstaigos. Žmonės varžėsi dėl žemės sklypų. Prekėms iš Vokietijos buvo uždėti muito mokesčiai. Todėl visi didieji Kauno prekybininkai ir verslininkai atvykdavo į Kybartus. Beveik visos Lietuvos įmonės užsiėmusios eksportu ir importu buvo įsikūrusios pasienyje. Miestui buvo suteiktos Magdeburgo teisės. Pirmais nepriklausomos Lietuvos metais pasienio miestelis gyveno „aukso gadynę“.
Miestas pradėjo tuštėti centrinę muitinę 1922 m. iškėlus į Kauną. Kartu išsikėlė didžioji dalis prekybos sandėlių. Statomų namų jau niekam nereikėjo, įsivyravo stagnacija. Pranyko ir garsieji miesto kontrabandos „karaliukai“. Prūsai vis dar atvykdavo į Kybartus siūlydami savo sviestą, sūrį, mėsą. O į Eitkūnus, pirkti vokiško „Nikolaške“ vadinamo konjako vykdavo lietuviai. Buvo populiari prūsiška galanterija ir manufaktūra, tačiau miesto aukso amžius baigėsi. Miestelyje gyventojų sumažėjo dviem trečdaliais. Lietuvai atgavus Klaipėdos uostą tranzitas per Kybartus dar labiau sumenko. Visas verslas „nuplaukė“ į Kauną.
Miestelio valdininkai jau nebevykdavo linksmintis į Eitkūnus. Buvo kalbama, kad už sienos galvas kelia „Adolfo vyrukai“. Rudmarškiniai su atvykėliais elgėsi nedraugiškai. Krizė ir pikti smogikų žvilgsniai atbaidydavo miestelėnus nuo trečiojo reicho vaišių. Kybartų gražuolės, anksčiau demonstravusios vakarų Europos madas, gyveno prisiminimais. Sumažėjo ir „biržos maklerių“, kurie praeityje „ant kiekvieno kampo reikalui esant palankiomis sąlygomis iškeisdavo litą į markę, franką į dolerį“. Virbalio stotis Kybartuose išliko iki pat antrojo pasaulinio karo pabaigos.
Ryškiai savo išore išsiskirdama iš kitos miesto architektūros, buvo vadinama „savotišku Vatikanu Romoje“.