Šiandien žmogaus palaikus tiriantys mokslai gerokai pažengė nuo XIX-XX amžiaus pradžioje vyravusių tendencijų. Anuomet antropologai tirdavo tik kasinėjimų metu randamas kaukoles. Atlikdavo kraniometrinius matavimus ir pagal gautus duomenis mėgindavo nusakyti individo ar individų grupės giminystės ryšius su senesniais palaikais. Taip stengtasi atsakyti į tautų kilmės klausimus. Dr. Jonas Basanavičius taikė tokius pačius metodus mėgindamas daugiau sužinoti apie lietuvių istoriją.
J. Basanavičius buvo atsakingas ne tik už „Aušrą“ (laikraštį), bet ir už antropologijos mokslo aušrą Lietuvoje. Vilniaus universiteto profesorius, vienas įtakingiausių šių laikų lietuvių antropologų Rimantas Jankauskas sako, kad dr. J. Basanavičiaus antropologiniai tyrimai įvertinti ne tik Lietuvoje bet ir Bulgarijoje: „Iki dr. Jono Basanavičiaus jokie palaikų tyrimai Lietuvoje nebuvo plėtojami. Beje, jis laikomas ne tik Lietuvos bet ir Bulgarijos antropologijos tėvu. Dirbdamas ten Basanavičius parašė antropologinę studiją, todėl yra iki šiol gerbiamas bulgarų, jo vardu pavadinta viena gatvė. Kai atsirado sąlygos grįžti į Lietuvą, jis čia užsiėmė labai įvairialype veikla. Vykdė tautosakos ir archeologijos tyrinėjimus. Basanavičius būdamas plačių mokslinių interesų ir išsilavinimo elgėsi labai panašiai. Be istorinių, etnografinių, tautosakos tyrimų jis organizavo ir archeologinius tyrimus keliose Lietuvos vietose. Juose surinko kaukoles, kurios pateko į tuometinę Lietuvių mokslo draugiją, o iš jos atsidūrė ir mūsų katedros rinkiniuose.“ – pasakojo prof. Rimantas Jankauskas.
Profesoriaus teigimu, šiandien VU Medicinos fakultete esančios J. Basanavičiaus surinktos kaukolės – tai tik maža jo rinkinių dalis: „Vilniaus universiteto Medicinos fakultete, saugome dvidešimt Basanavičiaus surinktų kaukolių. Ant kai kurių vis dar išlikę jo ranka daryti užrašai. Tačiau tai nereiškia, kad Basanavičiaus rinkinius sudarė tik dvi dešimtys kaukolių – tiesiog, toks nedidelis kiekis pasiekė mūsų fakultetą. Tai yra vėlyvųjų viduramžių kaukolės, iš Padovinio apylinkių Vidurio Lietuvoje. Basanavičius jų išsamiau netyrinėjo ir tyrimų išvadų nepublikavo. Apie 70-jų metų vidurį jas trumpai aprašė prof. G. Česnys.“
Antropologo prof. R. Jankausko nuomone, vertinant to meto mokslininkų turėtas žinias antropologijos srityje, dr. Jono Basanavičius mėginimai nustatyti lietuvių kilmę pagal kraniometrinius matavimus buvo novatoriški. Tačiau šių laikų antropologai jau nebesikliauja tokia metodika: „Basanavičius kaukoles rinko pagal dar XIX amžiuje nusistovėjusią antropologijos tradiciją. Tyrinėjant kaukolių matmenis, proporcijas ir formas, buvo siekiama nustatyti žmonių grupių biologinę istoriją. Basanavičius domėjosi lietuvių tautos kilme, tad galimybė nustatyti lietuvių biologinę istoriją jam buvo aktuali, todėl jis ir vykdė Lietuvos senkapiuose randamų kaukolių matavimus. Tuo metu buvo manoma, kad kaukolės požymiai yra paveldimi, aplinkos įtaka jiems reikšmės neturi ir pagal panašumus ar skirtumus galima spręsti apie žmonių grupių, kurias dabar vadiname populiacijomis, giminingumą. Tuo pačiu atkurti biologinę istoriją – iš kur žmonės atėjo ir su kuo asimiliavosi. Per pastaruosius 100 metų smarkiai pasikeitė antropologijos mokslo koncepcija. Dr. Jono Basanavičiaus laikais buvo ieškoma konkrečios tautos, pagal to meto biologinių ypatumų ir skirtumų supratimą. Šiandien žinoma, kad aplinkos veiksniai turi tam tikros įtakos kaukolei, pavyzdžiui, žandikaulių sumažėjimas populiacijai perėjus prie minkštesnio maisto. Smegeninės suapvalėjimas, vykęs per pastaruosius 2000 metų. Kartais ir vienos kartos bėgyje pasikeitus gyvenimo sąlygoms, gali būti stebimas ryškus smegeninės suapvalėjimas. Šiandien kraniometriniai kaukolės požymiai laikomi labai netiksliais, nes tų požymių daug ir jais lengva manipuliuoti. Taip pat taikomi kraniometriniai tyrimai, tačiau pripažįstami tikslesni metodai – pavyzdžiui, genetiniai.“
Prof. Rimantas Jankauskas priduria, kad nepaisant pasikeitusio požiūrio ir naujų tendencijų žmogaus palaikų tyrimuose, dr. Jono Basanavičiaus darbas Lietuvos mokslos istorijai labai svarbus: „Nepaisant to, Basanavičiaus darbas buvo labai svarbus, nes ji atitiko to metu mokslo žinių lygį ir dėl to galima sakyti, kad šis žmogus tapo vienu iš paleoantropologijos pradininkų Lietuvoje.“