Pagal 2004 m. įstatymą žmonės gali keisti lytį tik tuo atveju, jei neturi reprodukcinių gebėjimų.
Trečiadienio sprendimas buvo priimtas po to, kai transseksualė moteris pateikė peticiją, kurioje užginčijo įstatymą.
Teisių gynimo grupė "Human Rights Watch" (HRW) įstatymą pavadino "piktnaudžiaujančiu ir pasenusiu".
Ji pasidžiaugė trečiadienio sprendimu ir pavadino jį "svarbia transseksualų teisių pergale Japonijoje".
"Šis sprendimas patvirtina Japonijos translyčių asmenų teisę į sveikatą, privatumą ir kūno autonomiją", - BBC sakė HRW Japonijos direktorė Kanae Doi.
"Jis priimtas po daugelį metų trukusio advokatavimo ir bylinėjimosi siekiant panaikinti šį piktnaudžiaujantį reikalavimą..."
Šiuo sprendimu panaikinamas 2019 m. teismo sprendimas, kuriuo tas pats įstatymas buvo pripažintas konstituciniu.