Vytauto Didžiojo gimnazija komplektuos 9 - 12 klases ir veiks patalpose Augustijonų g. 8/10. Antano Vienuolio pagrindinėje mokykloje, kuri įsikurs Aušros Vartų g. 23, mokysis 1 – 10 klasių moksleiviai.
Šiuo metu Antano Vienuolio gimnazija perpildyta, vaikai joje mokosi dviem pamainom. Moksleivių skaičius šioje gimnazijoje kasmet auga. Dėl mokomųjų patalpų stokos 19 klasių mokosi kitoms miesto švietimo įstaigoms priklausančiuose pastatuose.
Be to, dabartinė gimnazijos struktūra neatitinka gimnazijoms keliamų reikalavimų. Šiais mokslo metais iš 2015 šios mokyklos moksleivių daugiau kaip pusė mokosi 1–8 klasėse. Antano Vienuolio gimnaziją suskaidžius į dvi mokymo įstaigas, naujoje gimnazijoje mokysis apie 600 moksleivių, pagrindinėje mokykloje – apie 1100 moksleivių.
Atlikus reorganizaciją gimnazija taps keturmete ugdymo institucija. Tiek gimnazijoje, tiek pagrindinėje mokykloje bus užtikrinta aukšta ugdymo kokybė bei teikiamų mokymosi paslaugų įvairovė, sumažės antroje pamainoje besimokančių moksleivių skaičius.