Pateikę prašymą iš naujo išnagrinėti baudžiamąją bylą ir M. Misiukonį pripažinti kaltu, prokurorai susidūrė su netikėta kliūtimi – nuo bylos nagrinėjimo panoro nusišalinti vienas iš trijų Lietuvos apeliacinio teismo teisėjų kolegijos narių.
Trečiadienį vykusio posėdžio metu Baudžiamųjų bylų skyriaus teisėjas Kęstutis Jucys pareiškė, kad negali teisti M. Misiukonio, nes šis jam padėjo kilti karjeros laiptais, be to, jis tik gerai gali atsiliepti apie buvusį vidaus reikalų ministrą.
„Dėl žmogiškojo faktoriaus negaliu teisti žmogaus, kuris man padarė tik gera“, – kreipdamasis į proceso dalyvius sakė teisėjas K. Jucys.
Jis prisipažino, kad dėl nusišalinimo kreipėsi į Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininką Aloyzą Kruopį ir teismo pirmininką Egidijų Žironą, tačiau jo prašymas nebuvo patenkintas – esą nėra objektyvių duomenų, kad teisėjas gali būti šališkas.
Tačiau, anot K. Jucio, yra subjektyviosios priežastys – teisėjas teigė, kad dar 1988 m. pradėjo dirbti vidaus reikalų sistemos tardytoju, o tuometinė sistema buvo tiesiogiai pavaldi Vidaus reikalų ministerijai (VRM). Teisėjas pabrėžė, kad jo karjeros pradžioje M. Misiukonis buvo ministro pavaduotojas, o vėliau tapo ministru.
Teisėjas taip pat nurodė, kad iš pradžių dirbo Vilniaus rajono policijos komisariate, o vėliau buvo paaukštintas ir paskirtas dirbti į Tardymo valdybą. Nors M. Misiukonio teisėjas asmeniškai nepažinojo, tačiau iš nuogirdų žinojo, kad jis yra „profesionalus, atsakingas ir griežtas pareigūnas“.
K. Jucys bylos proceso dalyviams nurodė, kad tik jie gali nuspręsti, ar jis gali teisti M. Misiukonį.
Valstybinį kaltinimą byloje palaikantis prokuroras Rimvydas Valentukevičius siūlė teisėją nušalinti nuo bylos – esą reikėtų pašalinti net menkiauiaias abejones dėl teisėjo šališkumo. Tokiai pozicijai pritarė ir nukentėjusioji.
Tuo metu M. Misiukonis ir jį ginantis advokatas Vytautas Sviderskis įsitikinę, kad nėra pagrindo K. Juciui nusišalinti nuo bylos nagrinėjimo.
„Tai – visiškai netikėtas teisėjo pareiškimas, tačiau nematau nei objektyvių, nei subjektyvių priežasčių, kodėl teisėjas turėtų būti nušalintas: teisėjas turi ilgametę patirtį, baudžiamasis procesas yra viešas“, – sakė advokatas.
Nagrinėjant bylą Panevėžio apygardos teisme nuo jos taip pat buvo nusišalinęs vienas teisėjas.
Teisėjos Violeta Ražinskaitė ir Daiva Pranytė-Zalieckienė nutarė, kad K. Jucys turi būti pakeistas – esą taip bus išvengta bet kokių abejonių galimu kolegos šališkumu. Į teisėjų kolegiją turėtų būti paskirtas naujas teisėjas.
Panevėžio apygardos teismas yra nusprendęs M. Misiukonį išteisinti dėl Lietuvos partizano A. Kraujelio žūties – esą nepadarė veikos, turinčios šio nusikaltimo požymių. Motyvuodamas tokį savo sprendimą teismas pažymėjo, kad byloje nėra genocido požymių – genocidas vykdomas prieš grupę ar jos dalį žmonių, turint tikslą ją sunaikinti, ir tą kaltininkas turi daryti tyčia.
Teismas pažymėjo, kad būdamas KGB jaunesniuoju leitenantu M. Misiukonis nesprendė A. Kraujelio likimo ir neturėjo tam jokios įtakos.
„Byloje nėra ir jokių įrodymų apie tai, kad M. Misiukonis žinojo apie A. Kraujelio priklausymą partizanams, nes duomenų, kad M. Misiukonis būtų rinkęs ar susipažinęs su jau surinkta KGB turėta operatyvine medžiaga apie A. Kraujelį nėra“, – nuosprendyje nurodė Panevėžio teisėjai.
Taigi teismas konstatavo, kad byloje nagrinėjamos partizano A. Kraujelio žūties metu nebuvo įstatymo, numatančio atsakomybę už veiką, kurios padarymu kaltinamas M. Misiukonis.
Dėl genocido kaltinimų taip pat buvo sulaukę Sergejus Tichomirovas, Rimantas Kublickas ir Petras Laguckas, bet jiems byla buvo nutraukta.
Tyrimas dėl paskutinio Aukštaitijoje išlikusio Lietuvos partizano A. Kraujelio nužudymo buvo pradėtas 1998 metais, kai jam po mirties 1997-ųjų gruodžio 22-ąją buvo suteiktas teisinis Kario savanorio statusas.
A. Kraujelis po 17 persekiojimo ir siekimo susidoroti su juo metų, aptikus partizano slaptavietę vienoje sodyboje ir apsupus ją ginkluotiems operacijos dalyviams, 1965 metų pavasarį nusišovė.
Prokurorai šioje byloje nustatė dešimt asmenų, kurie, būdami sovietinių struktūrų, siekusių fiziškai sunaikinti pasipriešinimo sovietų okupacijai ir okupaciniam režimui dalyvius, atstovai, vykdė genocidą ir aktyviu ginkluotu puolimu nulėmė Lietuvos partizano žūtį.
Įstatymas už genocido vykdymą numato laisvės atėmimą nuo penkerių iki dvidešimties metų arba laisvės atėmimą iki gyvos galvos.
1997 metais Lietuvos partizanui A. Kraujeliui suteiktas teisinis Kario savanorio statusas (po mirties), 1998 metais – vyresniojo leitenanto laipsnis, 1998 m. gegužės 19 d. jis apdovanotas Vyčio Kryžiaus III laipsnio ordinu.