Gimęs Utenos apskrities Kirklių kaime, baigęs miškininkystę, visą gyvenimą skyrė krašto gamtos ir kultūros paveldo išsaugojimui. Dirbdamas Mokslų akademijos Botanikos institute kartu su prof. K. Ėringiu pradėjo naują Kraštovaizdžio ekologijos sritį.
Sovietmečio pabaigoje aktyviai įsijungė į kovą prieš naftos platformą T6 prie Kuršių nerijos. Buvo Lietuvos Sąjūdžio iniciatyvinės grupės ir I Sąjūdžio seimo narys. Aktyvus Lietuvos gamtosaugos ir Lietuvos švietimo koncepcijos bendraautorius. 2000–2008 m. Lietuvos radijo ir televizijos tarybos narys ir pirmininkas.
Nuo 1997 m. Eugenijos Šimkūnaitės labdaros ir paramos fondo prezidentas. Jam bebūnant Botanikos instituto direktoriumi, pradėtas leisti mokslinis periodinis žurnalas „Botanica Lituanica“. Verkių rūmų, kuriame buvo įsikūręs Botanikos institutas, restauravimas ir parko tvarkymas buvo jo pilietinė pareiga, išreikšta ir knygoje „Verkiai: praeitis, dabartis, svajonė“. 2012-2018 m. buvo Lietuvos nacionalinės UNESCO komisijos pirmininku.
Netgi sunkiai sirgdamas tyrinėjo pirmąją pasaulyje monografijoje paminėtą Aukštumalos pelkę ir dalyvavo ją atkuriant. Iki paskutiniųjų gyvenimo dienų rūpinosi ekologinėmis ir kultūros paveldo problemomis, aktyviai dalyvavo visuomeniniame gyvenime.
Premjeras pareiškė užuojautą dėl profesoriaus mirties
Ministras Pirmininkas Saulius Skvernelis reiškia užuojautą dėl Lietuvos miškininko ekologo, aplinkosaugininko, pedagogo, visuomenės veikėjo Romo Pakalnio mirties.
„Netekome išskirtinio žmogaus visą gyvenimą skyrusio krašto gamtos ir kultūros paveldo išsaugojimui. Profesorius R. Pakalnis iki paskutiniųjų gyvenimo dienų rūpinosi ekologinėmis ir kultūros paveldo problemomis, aktyviai dalyvavo visuomeniniame gyvenime. Reiškiu nuoširdžią užuojautą velionio artimiesiems, kolegoms ir visiems pažinojusiems šią išskirtinę asmenybę“, – sakoma premjero užuojautoje.
Velionis bus pašarvotas rugsėjo 20 d. 16 val. Vilniaus laidojimo rūmuose „Ritualas“ Olandų g. 22. Karstas išnešamas rugsėjo 21 d 15 valandą. Laidotuvės Sudervės kapinėse, Viršuliškėse.