Specialiųjų tyrimų tarnybos (STT) Kauno valdybos pareigūnai baigė ikiteisminį tyrimą ir teismui perdavė bylą dėl Lietuvos valstiečių liaudininkų sąjungai atstovaujančio 67 metų politiko piktnaudžiavimo, prekybos poveikiu ir turto iššvaistymo siekiant asmeninės naudos sau ir artimiesiems.
Jis taip pat kaltinamas tuo, kad sukurstė Marijampolės profesinio rengimo centro Kudirkos Naumiesčio vedėją Mariją Jurgelienę daryti tokias pačias nusikalstamas veikas.
Politikai įkliuvo 2012 metais, kai STT pradėjo domėtis aikštelės Kudirkos Naumiestyje asfaltavimo aplinkybėmis. Darbai kainavo apie 120 tūkst. litų.
Sprendimą dėl aikštelės asfaltavimo priėmė Šakių rajono savivaldybės taryba. Teigiama, kad priimant šį sprendimą didelę įtaką padarė būtent J. Bertašius. Aikštelė buvo įrengta nesutvarkius visų teisinių formalumų, todėl ji traktuojama kaip neteisėta statyba.
Be to, į J. Bertašiaus sodybą buvo atgabenta daugiau kaip 460 tonų smėlio, kurio vertė siekia 3200 litų. Teigiama, kad tokiu būdu buvo atsilyginta merui už palankaus sprendimo priėmimą, nes smėlis buvo vežamas iš karjero, kurį valdo profesinio rengimo centras.
J. Bertašiui ir M. Jurgelienei pareikšti kaltinimai, kad būdami valstybės tarnautojais piktnaudžiavo tarnybine padėtimi, siekdami turtinės naudos nesant kyšininkavimo požymių.