Specialiųjų operacijų pajėgos de jure buvo įkurtos 2008 metų balandžio 3-iąją, įsigaliojus Krašto apsaugos sistemos organizavimo ir karo tarnybos įstatymo pakeitimams, ir yra suformuotos Specialiųjų operacijų junginio pagrindu.
Specialiųjų operacijų pajėgų branduolį sudaro Ypatingosios paskirties tarnyba, Vytauto Didžiojo jėgerių batalionas, Kovinių narų tarnyba ir Karinių oro pajėgų Specialiųjų operacijų grandis.
Specialiųjų operacijų pajėgų paskirtis - vykdyti karines specialiąsias operacijas: kontrteroristines, įkaitų vadavimo ir kitas.
Specialiųjų operacijų pajėgos tęsia prieš daugiau nei dešimtmetį pradėtą bendradarbiavimą su tarptautine specialiųjų operacijų pajėgų bendruomene, JAV, Latvijos ir kitų specialiųjų operacijų pajėgų kariais.
Realios kovinės patirties Specialiųjų operacijų pajėgų kariai įgyja vykdydami NATO vadovaujamą Tarptautinių saugumo paramos pajėgų misiją Afganistano pietuose, kurioje dalyvauja nuo 2007 metų rudens.
Kasmet šių pajėgų kariai dalyvauja tarptautinėse specialiųjų operacijų pajėgų pratybose.
Specialiųjų operacijų pajėgų eskadronai 2002-2004 metais Afganistane dalyvavo operacijoje "Tvirta taika", 2005, 2006 ir 2008 metais budėjo NATO greitojo reagavimo pajėgų sudėtyje.