J.Milius bylinėjasi su Vyriausybe ir Veterinarijos tarnyba dėl, jo manymu, neteisėto atleidimo.
Buvęs veterinarų vadovas prašo panaikinti nutarimą, kuriuo jis atleistas iš pereigų, grąžinti jį į darbą ir sumokėti vidutinį atlyginimą už laiką, kurį jis bus atleistas.
J. Milius taip pat teismo prašo, kad būtų kreipiamasi į Konstitucinį Teismą išsiaiškinti, ar Vyriausybės sprendimas jį atleisti atitinka Konstituciją.
Iš Veterinarijos tarnybos pareigų J.Milius atleistas pernai spalio pradžioje, kai Vyriausybė rugsėjį nepritarė jo veiklos ataskaitai. Tarnybai jis vadovavo nuo 2010 metų spalio, po ketverių metų jis paskirtas antrai kadencijai. Ji turėjo baigtis 2018 metų spalio 4 dieną.
Klausimas dėl galimybės J.Miliui toliau eiti pareigas kilo, kai teisėsauga pateikė jam įtarimus piktnaudžiavimu tarnyba ir dokumentų klastojimu.
Teisėsauga atlieka ikiteisminį tyrimą ir tiria įtarimus, kad šaldytus maisto produktus gaminanti Kauno bendrovė „Judex“ per parlamentarą „tvarkietį“ Petrą Gražulį siekė paveikti Maisto ir veterinarijos tarnybą, jog ši neskirtų nuobaudų už pažeidimus.
J.Milius su tuometine žemės ūkio ministre Virginija Baltraitiene prieštaringų vertinimų sulaukė ir dėl dalyvavimo vakarienėje bei medžioklėje su verslininkais. Galimą pareigūnų interesų konfliktą aiškinosi Vyriausioji tarnybinės etikos komisija.
J.Milius savo kaltę kategoriškai neigia.