Kasmet skiriama ne daugiau kaip septynios premijos: po dvi humanitarinių ir socialinių mokslų, fizinių mokslų, biomedicinos ir žemės ūkio mokslų srityse bei viena technologijos mokslų srityje.
Lietuvos mokslo premijai gali būti siūlomi ne anksčiau nei per pastaruosius 15 metų atlikti darbai, kuriuose išnagrinėta aktuali mokslo problema ir kurių tyrimų rezultatai įnešė svarų indėlį į mokslą, iš esmės paskatino tolesnę mokslo krypties raidą, prisidėjo prie šalies konkurencingumo didinimo kuriant, diegiant naujausias technologijas. Darbai turi būti paskelbti Lietuvos ar užsienio spaudoje ne vėliau kaip prieš metus iki dokumentų premijai gauti pateikimo komisijai.
Fundamentinius ir taikomuosius mokslinių tyrimų darbus premijai gauti siūlo aukštosios mokyklos ir mokslinių tyrimų institutai.
Eksperimentinės (socialinės, kultūrinės) plėtros darbus premijai gauti bendru teikimu siūlo verslo įmonės ar organizacijos kartu su aukštosiomis mokyklomis arba mokslinių tyrimų institutais.