Jonas Paulius II atstūmė daugelį kairiojo sparno tikinčiųjų ir buvo kaltinamas dėl lytinių nusikaltimų prieš vaikus slėpimo.
„Ne visa Dievo tauta sutinka su kanonizacija“, – sakoma judėjimo „International Movement We Are Church“ (INWAC) pareiškime, kuris buvo paskelbtas prieš Jono Pauliaus II ir jo pirmtako, italo Jono XXIII kanonizacijos ceremoniją Šv. Petro aikštėje Vatikane.
Judėjimas kaltina velionį lenkų tautybės popiežių „dvasiniu autoritarizmu“ ir per dideliu „hierarchinės kontrolės“ akcentavimu. Šie du bruožai, INWAC nuomone, paliko mažai galimybių lytinių nusikaltimų aukoms ir tyrėjams.
„Popiežius Jonas Paulius II buvo didelių prieštaravimų popiežius. Jo tragedija yra ta, kad esama neatitikimo tarp jo įsipareigojimo dėl reformų bei dialogo pasaulyje ir jo grįžimo prie autoritarizmo“, – sakoma pareiškime.
Pontifikas, kuriam priskiriami nuopelnai dėl pagalbos nuverčiant komunizmą Rytų Europoje, buvo kaltinamas parama dešiniojo sparno diktatoriams Lotynų Amerikoje, tarp jų – Augusto Pinochetui Čilėje, Šaltojo karo metais.
Tuo pačiu metu Vatikanas varžė už socialinį teisingumą pasisakančių dvasininkų išsivadavimo teologijos judėjimą, kurį laikė pernelyg marksistiniu.
Vyskupai, kurie buvo laikomi kairiųjų atstovais, buvo pakeisti ultrakonservatoriais, kunigams disidentams buvo uždrausta mokyti, o konservatyvesni Lotynų Amerikos judėjimai sulaukė palankumo.
Buvo šokiruoti net nuosaikūs dvasininkai, tokie kaip San Salvadoro arkivyskupas Oscaras Romero, kuris buvo „sukrėstas“, kai jam per susitikimą su Jonu Pauliumi II buvo pasakyta „rasti susitarimą su vyriausybe“ dėl bežemių ūkininkų, tvirtina italų teologas Giovanni Franzoni.
O. Romero 1980 metais nužudė dešiniojo sparno partizanai.
Viena grupių, kurioms buvo palankus Jonas Paulius II, yra „Kristaus legionas“, kurį įsteigė meksikiečių kunigas Marcialas Macielas, kaip paaiškėjo – seksualinis grobuonis, išnaudojęs seminaristus, turėjęs mažiausiai tris vaikus, kuriuos, kaip įtariama, taip pat seksualiai išnaudojo.
Įtarimai dėl M. Macielo popiežiaujant Jonui Pauliui II buvo plačiai žinomi, bet nieko nebuvo padaryta, be to, Vatikanas pritarė virtinei slaptumo potvarkių „Kristaus legiono“ atžvilgiu, tarp kurių buvo draudimas kritikuoti jo įkūrėją.
Kritikai sako, kad „Kristaus legiono“ pavyzdys parodo platesnio masto abejingumą tūkstančiams bylų dėl kunigų įvykdytų lytinių nusikaltimų, kurie buvo pradėti deramai tirti tik popiežiaujant Joną Paulių II pakeitusiam Benediktui XVI.
Aukų Jungtinėse Valstijose palaikymo grupė „Survivors Network of Those Abused by Priests“, kuri buvo priekyje tų, kas kritikavo Vatikaną, sakė, kad Jono Pauliaus II paskelbimas šventuoju yra „užgaulus“.
„Jam valdant JAV vyskupų nenoromis (vykdyta), pavėluota ir silpna politika dėl (lytinio) išnaudojimo buvo uždelsta ir dar labiau susilpninta“, – teigia grupė.
Dėmesio centre
Jono Pauliaus II laikais taip pat buvo tamsus periodas Vatikano bankui – Religijos darbų institutui, kuris buvo įsivėlęs į kito banko, plovusio mafijos pinigus, žlugimą.
To Italijos banko pirmininkas Roberto Calvi (Robertas Kalvis), kuris buvo vadinamas „Dievo bankininku“, 1982 metais buvo rastas pasikoręs ar pakartas ant pastolių po Dominikonų tiltu Londone.
Vatikano banko prezidentas tuo metu buvo monsinjoras Paulius Marcinkus, dėl priemonių nesivaržantis JAV dvasininkas, kuris iš esmės Vatikane buvo apsaugotas nuo ne kartą pareikštų Italijos prokurorų prašymų leisti su juo pasikalbėti.
Tokį apsiausties mentalitetą kritikai nurodo kaip dar vieną negerą Jono Pauliaus II bruožą, kuris nulėmė per didelę centralizaciją ir net blogą valdymą Romos kurijoje, kuri yra Katalikų Bažnyčios centrinė administracija.
Vienas aukšto rango dvasininkas, kuris kritikavo Joną Paulių II po jo mirties, yra italų kardinolas Carlo Maria Martini, kuris sakė, kad šis popiežius turėjo savo „ribotumų“, rašoma istoriko Andreos Riccardi knygoje.
C.M.Martini, kaip teigiama, sakė, kad Jono Pauliaus II kai kurie paskyrimai buvo nevykę ir kad jis stengėsi būti „dėmesio centre“ su savo kelionėmis, „tarsi būtų viso pasaulio vyskupas, pakenkiant vietos vyskupams“.
Kai kurie tradicionalistai taip pat reiškė abejones dėl radikalaus kanonizacijos pagreitinimo. Paprastai pretendento į šventuosius kandidatūrą galima iškelti penkeri metai po jo mirties.
Įprastas Vatikano pasiteisinimas yra tikinčiųjų spaudimas. Per Jono Pauliaus II laidotuves 2005 metais grupės tikinčiųjų susirinkusioje minioje skandavo „Santo Subito!“ („Šventasis dabar!“).