JT ši šalis iki šiol būdavo vadinama Buvusiaja Jugoslavijos Respublika Makedonija (angl. The Former Yugoslav Republic of Macedonia, FYROM).
Pakeitus šalies pavadinimą buvo galutinai išspręstas ginčas su Graikija, trukęs nuo 1991 metais įvykusio Makedonijos nepriklausomybės paskelbimo nuo tuometės Jugoslavijos.
Atėnai ilgai argumentavo, kad jų nedidelės, neturtingos, priėjimo prie jūros neturinčios kaimynės pavadinimas implikuoja teritorines pretenzijas į Graikijos šiaurinę Makedonijos provinciją ir senovės graikų kultūros paveldą.
Proveržis sprendžiant šį ginčą įvyko pernai vasarą, kai Makedonijos premjeras Zoranas Zajevas ir Graikijos vyriausybės vadovas Aleksis Cipras susitarė dėl kompromiso, kad šalies pavadinimas bus pakeistas, o Atėnai taip pat nebeprieštaraus Skopjės prisijungimui prie NATO ir Europos Sąjungos.