M. Flynnas kaltinamas tuo, kad per FTB apklausas melavo apie savo pokalbių su tuometiniu Rusijos ambasadoriumi Vašingtone Sergejumi Kisliaku turinį.
Tyrimo duomenimis, tų pokalbių metu buvo aptarinėjama galimybė atšaukti JAV sankcijas Rusijai, bet M. Flynnas tai nuo FTB nuslėpė.
M. Flynnas, kuris prezidento patarėjo poste išdirbo maždaug tris mėnesius, buvo priverstas atsistatydinti dėl jam reiškiamų kaltinimų. Jis sudarė susitarimą su tyrimą dėl Rusijos kišimosi į 2016 metų rinkimus atliekančiu specialiuoju prokuroru Robertu Muelleriu ir pagal jį pripažino savo kaltę.