Йонас Вайткус родился 20 мая 1944 года. Высшее образование получил в Ленинградском государственном институте театра, музыки и кинематографии (ныне — Санкт-Петербургская государственная академия театрального искусства), позже учился на двухгодичных курсах Государственного комитета по кинематографии в Москве.
Йонас Вайткус работал главным режиссером Шяуляйского драматического театра, главным режиссером Каунасского государственного драматического театра, режиссёром на Литовской киностудии, художественным руководителем Государственного литовского драматического театра, преподавал актёрское мастерство в Литовской академии музыки и театра, Эмерсон колледже (США), Статен Театре в Норвегии, Хельсинкской государственной высшей театральной школе, Копенгагенской национальной театральной школе, Краковской театральной академии.
1989—1995 годах — художественный руководитель Национального драматического театра Литвы.
С 2009 года — художественный руководитель Русского драматического театра Литвы.
"Я думаю, что ось Русского театра – это обращение к общечеловеческим ценностям, не к своей исключительности. Надо просто попробовать привлечь своей искренностью, своей открытостью и трактовкой своих идей через какой-то материал, который этому способствует. И это самое главное.
Важно, чтобы театр стал местом, где люди не чувствовали бы себя антагонистами, где люди могли бы общаться друг с другом – литовец с поляком, поляк с русским и так далее. И это самая трудная задача для русского театра, и самая ответственная. Тогда оправдаются все разговоры об этом театре. Если здесь будет тепло всем, то и русский зритель будет горд, что есть такое место, где можно собраться, где может поместиться любой честный человек, который не подвержен каким-то идеологическим идеям, который ценит семью, ищет бога в себе и вокруг", - определил Вайткус роль Русского театра в интервью DELFI.
В Русском драматическом театре Литвы поставил спектакли:
«Дрозд черный» Д. Харроуэра, 2008;
«Горе от ума» А. Грибоедова, 2009;
«Тот, кто получает пощёчины» Л. Андреева, 2011;
«Ёлка у Ивановых» А. Введенского, 2012;
«Язычники» А. Яблонской, 2013;
«Евгений Онегин» А. С. Пушкина, 2013