Венденский замок стал готовиться к обороне, а сам князь стал отправлять гонцов на сейм, к королю Стефану, к воеводам. Дурные вести приходили со стороны Пскова – приготовления к походу в Ливонию самого Ивана Грозного не были секретом. А король Стефан безнадежно пытался усмирить восставший Данциг, потому никакой весомой помощи оказать не мог. Впрочем, донесениям Полубинского многие просто не верили. С чего бы Грозному снова начинать военные действия, если постоянно поднимается вопрос о перемирии и даже о мире?
Только вот на самом деле Александру Ивановичу из Вендена было виднее. 30 мая 1577 года на третий призыв о помощи Полубинский получил только ответ от виленского каштеляна: «Король не дал ни людей, ни войска, а я так же не имею, чем вас спасать.»
Дальнейшие призывы о помощи также оставались безответными. Наконец, даже имея на руках сведения не только о силах неприятеля, но и о том, что жители Вендена готовы передаться королевичу Магнусу, Полубинский не дождался помощи. Достаточно неожиданно князь получил письмо от самого Ивана Грозного. В свойственной ему несколько глумливой и оскорбительной манере государь московский предлагал Полубинскому немедленно оставить все замки и со всеми людьми выехать из Ливонии.
В тринадцатый раз попросив помощи, Александр Иванович был осажден в замке горожанами и солдатами Магнуса. В результате штурма он был ранен и попал в плен, его имущество разграблено, а слуги распроданы.
Неприятность положения князя усугублялась тем, что Магнус затеял самостоятельную игру, стараясь овладеть по возможности большей частью Ливонии, чем вызвал недовольство Грозного. Государь московский, узнав о пленении Полубинского, потребовал его к себе. Вопрос был серьезный: раненый Александр Иванович сдавался на честное слово людям Магнуса и передавать его они были не должны. Но имея перед глазами армию царя, было не до соблюдения приличий. Полубинского отправили к царю.
Встреча с Грозным не сулила князю ничего хорошего: кроме явного пренебрежения царскому предложению удалиться, Полубинский был еще и удачливым командиром в предыдущих кампаниях. И предчувствие его не обмануло. Грозный начал беседу с пленником, по ироничному замечанию самого Полубинского, с выведения своей родословной: «от Августа кесаря, начавши от Рюрика Руса, 14 поколений, говорил, что Рус был братом Пруса…». А затем припомнил все личные заслуги Александра Ивановича, которые грозили последнему по меньшей мере смертной казнью. Наконец Иван поинтересовался, отчего Полубинский не послушал его доброго совета, ведь король писал, что помощи оказать лично не может и вся надежда только на вельмож ВКЛ, и немедленно продемонстрировал перехваченное послание Батория на латыни.
Александр Иванович воспользовался неожиданной демонстрацией письма как прекрасный политик и дипломат. Во-первых, он объяснил отсутствие подкреплений тем, что вельможи ВКЛ верили царю и не хотели войны, да и сам король не желает кровопролития. Во-вторых, Полубинский обратил внимание на то, что нападения на замки стал делать Магнус, а потому аргумент Грозного о том, что он лишь навещает свои древние вотчины, не выдерживает критики: «Не знаю, каким способом, с твоего ли ведома, Магнус путем измены, владеет землей и замками, и не знаю, чьим именем, или сам по себе; … силой штурма взял меня, имущество мое забрал, заграбил, меня самого оценивал, слуг моих продавал, - неизвестно, кто из вас господин в той земле».
При всей очевидности того, что Магнус стремится к самостоятельности, пожалуй, нельзя было лучше посеять раздор между царем и королевичем. Слабые гарнизоны Речи Посполитой в Ливонии могли частично уцелеть только в том случае, если войска Грозного стали бы сражаться с войсками Магнуса. Вскоре так и произошло. Грозный захватил Венден. Защитники крепости взорвали укрепления и себя. Оставшиеся в живых были казнены.
Мирное население Вендена (хотя в постоянно воюющей стране ни горожане, ни крестьяне уже не были вполне мирными по определению) также было уничтожено. Факт расправы подтверждает не только Полубенский, но и другие современники и очевидцы событий. Тем не менее, ливонский блицкриг Ивана Грозного проходил вполне успешно. Небольшие гарнизоны Речи Посполитой не оказывали серьезного сопротивления, да и сам царь довольно точно придерживался собственной концепции - он только навещает свои древние вотчины, наводит порядок и карает изменников ливонцев, а с Речью Посполитой он совершенно не воюет. Отсюда поразительный контраст в отношении к пленным: пленная шляхта удостаивается приемов и обедов, ливонское дворянство – казней. В это же время Грозный пишет свое знаменитое послание Курбскому.
Постепенно и отношение Грозного к Полубенскому несколько улучшилось, хотя царь при случае и попрекал князя разорением Изборска и провоцировал на религиозные диспуты. В таких случаях Полубинский уходил от острых вопросов, прекрасно понимая, что царская переменчивость и его собственная образованность могут сыграть с ним злую шутку. С другой стороны, и Грозному было выгодно держать при себе родовитого пленника: кампания в разоренной Ливонии стоила дорого, а мириться с Баторием на своих условиях, владея большей частью страны, было куда как предпочтительней. Что касается имущества пленных, то очевидно, сам Иван не решил толком, как с ним обойтись. С одной стороны, все переписали и учли даже казенные ценности, находившиеся в крепостях, с другой стороны, возвращать не торопились.
Приготовления к контрнаступлению силами, подчиненными Ходкевичу, не были секретом для Грозного. Царь прекрасно понимал, что одно дело захватывать крепости с небольшими гарнизонами, другое дело - оказаться на враждебно настроенной территории с ненадежным подчиненным (Магнусом) и получить в качестве противника пусть немногочисленные, но еще не утомленные и руководимые опытными командирами войска. В этом случае царю очень пригодился пленный Полубинский. После выплаты выкупа, Грозный отправил Полубинского с письмом к Яну Иерониму Ходкевичу. И в этот раз царь обошелся без оскорбительных пассажей – все-таки репутация Ходкевича как военачальника и политического деятеля была достаточно серьезной.
После плена Александр Иванович отправился приводить в порядок свои пришедшие в некоторый упадок финансовые дела, но ранение и пошатнувшееся здоровье не позволили больше вернуться в Ливонию.