Последний корабль «Черный Орел», шедший с дипломатической миссией в Данию, был захвачен шведами. Послов правда отпустили, а вот корабль остался добычей шведских моряков.
Необходимость существования флота на Балтике прекрасно осознавал король Владислав Ваза. В период с 1635 по 1643 в состав флота вошло 9 кораблей. Но проблемы, которые не позволяли говорить о балтийском флоте Речи Посполитой как о способной решать поставленные задачи силе остались прежними.
Первой проблемой была ориентация на данцигских корабелов при строительстве судов. По большому счету, все корабли Речи Посполитой - это построенные по канонам торговых судов галеоны и флейты. В то же время в Европе уже массово шла постройка линейных кораблей.
Второй немаловажной бедой флота было его вооружение. При заявленном количестве орудий, фактически к артиллерии относили все, что чуть больше обычного мушкета и стреляет, то есть реально в наличии у Речи Посполитой были вооруженные транспорты, а никак не современные военные корабли.
Третьей огромной проблемой флота был так называемый человеческий фактор. Команды комплектовались преимущественно из завербованных с торговых судов жителей Скандинавии и немецких городов. В результате трудно было говорить об элементарной дисциплине, а боевые качества команд оставляли желать лучшего. Из 9 кораблей нового флота 4 были потеряны в результате некомпетентности команды и капитанов: захвачены французами и испанцами (2), затонули при неясных обстоятельствах вблизи берега (2).
Недостаток средств привел к тому, что к середине 17 века у Речи Посполитой так и не появилось хоть и не большого, но качественного флота. Следует лишь отметить единственную попытку построить многопушечный корабль, отвечающий требованиям современной морской войны. Правда эта попытка выглядит как минимум курьезом, и, несомненно, анахронизмом - галеон «Марс», вооруженный 54 орудиями, из которых 46 располагались на двух палубах, а еще 8 - в массивных надстройках.
Тем не менее на случай конфликта со Швецией некоторые надежды правительство Речи Посполитой связывало с флотом своего вассала, герцога Курляндского Якоба Кеттлера. Предприимчивый и энергичный герцог основал большое количество мануфактур, строил верфи. Корабли, построенные в Курляндии, с удовольствием покупали Англия, Франция и Венеция. Герцог Якоб попытался обзавестись и колониями: на Тобаго и в Гамбии появились курляндские поселения. Конечно, вопрос о флоте Курляндии несколько раздут, так как герцог Якоб сталкивался с теми же проблемами, что и Речь Посполитая. Несмотря на то, что верфи герцогства производили суда подобного класса, как и в Данциге, все же некоторые преимущества у курляндцев все-таки были. Во-первых, корабли строились по передовым на то время голландским образцам и, собственно, на начальном этапе, голландскими мастерами. Во-вторых, стоимость постройки судов была ниже, а скорость выше. Это объясняется тем, что все технологические составляющие от леса до самих пушек производилось непосредственно в Курляндии.
Расчет на возможность использования растущего как на дрожжах курляндского флота был вполне уместен. Герцог Якоб хорошо зарекомендовал себя в Смоленской кампании, где командовал двумя ротами, оказывал покровительство католической церкви, словом был вполне лоялен короне. Однако никто не учел своеобразного и неуместного для того времени пацифизма герцога. Ни один корабль герцогства не участвовал в каких-либо боях. Капитанам предписывалось приветствовать все государственные флаги, самим не нападать и обходиться переговорами, поэтому если случались нападения, то наёмные капитаны предпочитали сдаваться.
Вообще вопрос кадров в курляндском флоте решался еще хуже, чем во флоте Речи Посполитой. Показательна история плавания эскадры судов в Гамбию. В 1652 герцог Якоб послал в Гамбию три корабля, которые не добрались до цели по своей вине. Во главе этой экспедиции был поставлен голландский авантюрист Якоб де Мулен. Придя в Копенгаген, он распродал товары с кораблей, а деньги пропил, в конце концов офицеры взбунтовались и арестовали его. Экспедиция вернулась в Вентспилс и только в следующем году в конце мая вышла в Гамбию под командованием лейтенанта фон Трейдена. В конце апреля 1654 четыре новых корабля вышли в Гамбию, командовал экспедицией датский полковник Зейц. Они пришли на о. Св. Андрея, но тут Зейцу не понравилось назначение его губернатором, и он отправился обратно. Зейц сбежал в Гамбурге, украв 15 000 талеров. Таким образом, расчет на военные корабли Курляндии по причине их ограниченной боеспособности (опыт практически нулевой) был преждевременным.
Восстание на Украине и огромные финансовые затраты на войну заставили правительство Речи Посполитой свернуть строительство флота. А в 1655 началась и война со Швецией. К этому моменту флот Речи Посполитой никак не мог противостоять шведскому флоту, а пацифистски настроенный Якоб Кеттлер совершенно не хотел воевать. Нейтралитет дорого обошелся герцогу: в ночь с 28 на 29 сентября 1658 года герцог с семьей был захвачен шведами и отправлен сначала в Ригу, а затем в Ивангород, где содержался в строгом заключении. Корабли были захвачены или сожжены, верфи и мануфактуры разграблены.
Впоследствии в Речи Посполитой уже не было серьезных попыток создать флот на Балтийском море. С началом Северной войны правительство обратилось к старой системе приглашения каперов, однако большого энтузиазма приглашение не вызвало. Французский фрегат «Postillon» капитана Невилла, захватил только одну шведскую шхуну, которую привел в Данциг, в следующем году шведы шхуну отбили, а фрегат после короткого боя сел на мель. Это было последнее «достижение» морской истории Речи Посполитой.