Формальность отношений украинских земель с центром, их фактическая самостоятельность, с одной стороны, и попытки правительства упорядочить систему управления, с другой стороны, неминуемо приводили к появлению конфликтных ситуаций.
До Люблинской унии, пока украинские территории находились под юрисдикцией ВКЛ, практически не происходило крупных антиправительственных выступлений, чего нельзя сказать о территориях принадлежавших польской короне (Галиция), и восстание Мухи (1490-1492) – яркий тому пример. Но ситуация стала меняться уже в правление Сигизмунда Старого. Наступление на украинские земли началось сразу по нескольким направлениям: идеологическом, экономическом, религиозном.
В идеологическом плане планомерно происходил раскол на старое дворянство, принимавшее все более польские шляхетские вольности и образ жизни, и новую зарождающуюся политическую силу – казачество. Последнее также в своем составе не было однородным. Можно говорить о двух параллельно действовавших системах.
Первой системой были реестровые казаки. В качестве пограничных войск их было решено использовать еще в 1524 году, но эта идея в реальность воплотилась значительно позже (с 1572). Реестровое казачество было достаточно эффективной мобильной военной силой в составе Речи Посполитой. Другая часть казачества сформировалась на территориях формально неподвластных короне.
Несмотря на достаточно низкий социальный статус большинства казаков, первыми руководителями казачества были представители старой аристократии: Вишневецкие, Дашкевичи, Лянцкоронские. Как правило, на свои собственные средства они организовывали вооруженные силы, строили укрепления, приобретали оружие и амуницию. Тем не менее запорожцы Сечи с начала 17 века стремились быть внесенными в реестр, что давало им право на выплаты из казны и на повышение их социального статуса. Фактически в правах они уравнивались со шляхтой (правда, без права голоса на сеймиках).
Количество реестровых казаков неуклонно росло на протяжении первой половины 17 века. Во время восстаний, как правило, они поддерживали правительство, а во время восстания Богдана Хмельницкого вопрос о количестве реестровых казаков поднимался в ходе всех переговоров. Так по Зборовскому договору (1649) реестровых казаков должно было насчитываться 40 тысяч (для сравнения 8000 на 1630 г. и 6000 на 1637г.). Содержать такую армию государство просто было не в состоянии, и уже по Белоцерковскому договору (1651) это количество снижено вдвое. Тем привлекательнее показалось казачеству предложение царя Алексея Михайловича обещавшего увеличить реестр до 60 тысяч. Само казачество в то же время сильно дистанцировалось от крестьянства.
В экономическом плане влияние собственно Польши на украинские земли стало усиливаться с середины 16 века. Связано это было, во первых, с политикой королевы Боны, стремившейся к увеличению доходов, а вслед и с действиями магнатских родов. Со второй половины 16 века происходит значительный рост городов не только принадлежащих короне, но и входивших в юрисдикцию магнатов. Так Вишневеччина, вотчина князей Вишневецких, насчитывала 56 городов и сел, и количество населения при этом росло. Соответственно увеличивалось число польского населения, однако его экономическое влияние росло куда сильней. В результате к середине 17 века в городах и крупных имениях формально вся полнота власти принадлежала уже польскому элементу.
Отдельное самоуправление имела и еврейская диаспора, имевшая большое экономическое и политическое влияние. Будучи этническим меньшинством,евреи охотно сотрудничали с польской администрацией. В связи с упадком внешней торговли в первой половине 17 века (в Европе Тридцатилетняя война, в России Смута) в хозяйстве украинских земель возрастает значение системы откупов. В результате целые сферы хозяйства монополизируются кагалами. В первую очередь это кредитная система и производство алкоголя. На протяжении 17 и 18 веков жалобами на непогашенные кредиты пестрят записи магистратов. Порой складывалась следующая ситуация: священники и монахи брали в долг вино, долг вовремя не погашался, и , согласно юридической практике, имущество должника опечатывалось; в данном случае запиралась церковь, что вызывало недовольство населения и ропот по поводу притеснения церкви.
Религиозная составляющая была пожалуй наиболее важной. В первой половине 16 века в подконтрольной Польше Галиции давление со стороны католической церкви на православие значительно усилилось, русских епископов в лучшем случае считали викариями для отдельного обряда, но не полноправными ординариями. В тогдашних официальных документах их даже называли не episcopus, а vladice, священников — не parochus, а popones, а храмы — не ecclesia, а synagoga.
Православные священники облагались податями и налогами, а в частных имениях нередко обязаны были нести панщину наравне с крестьянами. От православных требовали соблюдения католических праздников и хождения со всей семьей в костел (по крайней мере, это требовалось от православных купцов во Львове, купивших лавки у католиков; от них не принимают свидетельств в судебных делах с католиками; в судах берут пошлины в увеличенном размере; заставляют приносить присягу не по русскому обычаю, а по особой формуле; запрещают им публично отправлять свои обряды: не дозволяют священникам ходить к больным по улицам и площадям города со св. Дарами при зажженных свечах, хоронить покойников публично и с церковными обрядами (publice et in ornatu).
Чтобы облегчить свое положение, православные города Львова обратились к королю с жалобами на притеснения со стороны католиков, а последний, по ходатайству князя К.И. Острожского, назначил для рассмотрения этих жалоб особую комиссию и в 1521 г. издал привилей, в котором следующим образом определяются отношения между православными и католиками:
1)русские в делах большей или меньшей важности приносят присягу не в латинских костелах, а в православной церкви; 2) во всех делах могут быть свидетелями перед судом, к чему прежде не допускались; 3) священники их могут ходить в город к больным со св. Дарами в церковном облачении, но без свечей, а на русской улице — с зажженными свечами; 4) латинский магистрат хотя и имеет право ставить православным приходских священников, однако должен избирать для этого сведущих в деле веры мужей; 5) тела умерших православных священник может провожать через город в церковном облачении, но без свечей, пения и колокольного звона и только на русской улице можно петь, звонить и возжигать свечи.
После Люблинской унии постепенно правительство Речи Посполитой стало проводить подобную политику и в перешедших под юрисдикцию Польского королевства остальных украинских землях. В 1596 году была принята церковная Брестская уния, по которой сохранялись православные обряды, но признавалось главенство папы римского. Сторонники православия отвергли унию и низложили своих владык-отступников, а последние заодно с католиками провозгласили анафему своим противникам.
Брестский собор имел решающее значение для правового положения православия. Король, как и следовало ожидать, признал законным постановления сторонников унии на этом соборе, то же, что постановили православные, отверг, как незаконное. В результате вышло нечто странное и непонятное: отступники от православия сделались представителями его, все те права и привилегии, которые даны были издавна православным, перешли в обладание униатов, а православие очутилось вне закона. Польское правительство совершенно игнорировало его и признало его не исконной религией, но каким-то новшеством.
Такое положение вызывало яростное сопротивление населения. Восстания после Люблинской унии становятся достаточно частыми, к середине 17 века страсти накалились настолько, что хватило малой искры для того, чтобы новый мятеж едва не поставил государство на грань уничтожения. В 1648 году Богдан Хмельницкий начал свою личную войну против обид и притеснений, которая продолжалась (если учитывать постоянные смены подданства гетманами) более 50 лет и по своей жестокости вряд ли имеет аналоги в европейской истории.