И наиболее значительный по своему моральному и материальному значению удар протестанткой общине был нанесен 2 апреля 1682 года.
Тщательно спланированный и подготовленный с соблюдением абсолютной секретности штурм Евангелического собора начался рано утром. Толпа народа в несколько тысяч человек, вооруженная топорами, кирками, заранее изготовленными из бревен таранами, совершила нападение на собор.
Непосредственными организаторами и вдохновителями погрома считали ректора иезуитской академии Петра Китновского и его учеников. В этом нападении участвовали представители разных городских слоев. Кроме студентов, в толпе штурмующих можно было наблюдать и монахов францисканцев и августинцев, господских слуг, ремесленников – представителей различных цехов, евреев, купцов, и даже членов магистрата. Сам штурм продолжался недолго, ворота были выбиты самодельными таранами и начались безобразные сцены грабежа и разорения.
Толпа ломала и крушила все, что не могла утащить. С колокольни были сняты два колокола, а с крыши крест. Все это отправили во францисканский и августинский монастыри. Захватывались документы, книги, деньги. Были взломаны двери усыпальницы. Разгром продолжался и там: с гробов срывали таблички и сукно, раздевали покойников, даже надгробные плиты были вывезены. Соборные пасторы пытались откупиться от беснующейся толпы, но нападавшие отказались брать деньги. Самих служителей ждали побои и унижения, от смерти их спасли несколько горожан. Некоторые из служителей пытались спрятаться от толпы в гробах, но были оттуда вынуты и едва не лишились жизни.
Иоанн Голиус, настоятель собора, узнав о погроме бросился в магистрат, затем к францисканцам, но защиты нигде не нашел. А тем временем толпа приступила к главной цели - физическому уничтожению собора. Используя принесенные орудия, горожане, обрушили стены и крышу.
На следующий день толпа собралась снова. Разрушив собор и постройки, горожане совсем упустили из виду ограду. Поэтому 3 апреля было посвящено уничтожению всего того, что еще не было разбито. Впрочем, о собственной пользе жители города тоже позаботились. В последующих показаниях свидетелей сохранились некоторые имена и описания мародеров.
Так сапожник Войтех завладел какой-то шкатулкой, бочар Варфоломей разобрал на бревна две постройки и отвез их к францисканцам, каменщик с сыном банщиком снимали одежду с трупов в склепе, сын кузнеца Ивана перевозил олово, мельник с королевской мельницы забрал железо и бревна, некто Дубонас совершил несколько рейсов на своей телеге за различными вещами. Кое-что оказалось и во владениях должностных лиц. По странному стечению обстоятельств надгробные плиты очутились во дворе дома бурмистра Карася, бурмистр Боркинович разжился скамьями из собора, а к старшине Строчинскому возами отправляли кирпич.
Протестантская община от погрома впала в отчаяние и затаилась в ожидании дальнейших событий. Первые поиски справедливости начались только спустя месяц. В мае была подана официальная жалоба по поводу произошедшего. Совершенно по-другому повел себя иезуитский ректор Китновский. Как человек опытный и дальновидный он еще 7 апреля подал в католическую консисторию формальный протест, в котором доказывалась непричастность студентов к разрушению «Кальвинской синагоги».
Власть отреагировала немедленно: королевским рескриптом были назначены комиссары для расследования этого неслыханного дела. Но этим в общем- то и ограничились поиски виновных. В течение трех лет комиссия так и не нашла времени для начала расследования. Только в мае 1685 года королевскому рескрипту на варшавском сейме был дан надлежащий ход.
В начале 1686 года начались заседания комиссии. Истцами выступали кальвинисты, ответчиками – ректор Китновский и вся академия, магистрат, жители всех виленских юрисдикций, монахи (францисканцы и августинцы), еврейский кагал. После вступительных речей сторон, когда протестанты требовали мести и компенсаций, а их оппоненты ссылались на незаконность получения королевского рескрипта и даже пытались подвергнуть сомнению законность самого суда, комиссия отправилась на место и зафиксировала полное разрушение собора.
Решение комиссии было компромиссным, но особой пользы протестантам не принесло. К смертной казни были осуждены зачинщики беспорядков - студенты академии Иосиф Рыкачевский и Иван Зупла, а также двое ремесленников. Однако смертная казнь была заменена на изгнание по причине их неявки в суд. Ректор академии как особа духовная никакого наказания не понес. Монастырям было велено выдать крест и колокола в трехдневный срок. Восстановлением собора на прежнем месте должны были заняться сами протестанты, их прежние права были подтверждены. Также при обнаружении украденного имущества протестанты сохраняли право на его взыскание, правда, пользоваться этим правом было уже опасно. Городские власти были вынуждены присягнуть, что они не были причастны к событиям, а также уплатить 3000 червонных залога как гарантии того, что подобное не повториться в будущем.
Такое решение комиссии хоть и гарантировало протестантам некоторое спокойствие, но все же не решало многих проблем сосуществования. Несмотря на то, что собор в куда более скромном виде стали восстанавливать, события апреля 1682 года со всей очевидностью показали, что для кальвинистов, как, в общем-то, и для всех протестантов, город уже не является местом безопасным.