Окончила курсы радистов, но война шла к концу, и осенью 1944 г. Е.Чудакова оказалась в Вильнюсе, получив назначение на метеорологическую станцию. Вскоре этот город стал для неё дорогим и близким. Здесь Елена Вениаминовна стала выдающейся оперной певицей (колоратурное сопрано) и педагогом.
Рано начав петь, Е.Чудакова пения не оставила и в Вильнюсе. Она быстро стала солисткой военного ансамбля, где молодой композитор Беньяминас Горбульскис для неё аранжировал песни, и выступала с концертами. В 1948–1952 гг. Елена Вениаминовна училась в Вильнюсской консерватории (класс Людмилы Менобели; ныне – Литовская академия музыки и театра). Несмотря на незнание в то время литовского языка и болезни, её творческая карьера складывалась весьма успешно.
31 декабря 1952 г. она успешно дебютировала на сцене Академического театра оперы и балета в Вильнюсе (ныне – Литовский национальный театр оперы и балета). Исполнив партию Виолетты в опере Джузеппе Верди «Травиата», она на протяжении двадцати лет была бессменной исполнительницей этой партии в традиционной новогодней опере, полюбившейся зрителям Литвы. В 1952–1973 гг. Е.Чудакова была солисткой этого театра. Среди её ярких партий: уже упомянутая Виолетта в «Травиате» и Джильда в «Риголетто» Джузеппе Верди, Лакме в «Лакме» Лео Делиба, Марфа в «Царской невесте» Николая Римского-Корсакова, Мюзетта в «Богеме» Джакомо Пуччини, Ауксяле в опере Витаутаса Кловы «Вайва» и др. С 1965 г. она преподавала в Вильнюсской консерватории.
Елена Чудакова выступала как концертная певица на многих сценах Литвы, бывшего СССР и зарубежья. Успех и признание сопутствовали ей в Москве на сцене Большого театра, в Ленинграде, Риге, Минске, Киеве, Баку, Кишенёве, где проходил её совместный концерт с тогда ошеломляюще популярным оперным и эстрадным певцом Муслимом Магомаевым, а также в залах зарубежных театров Польши, ГДР, Болгарии и США.
Разнообразным был концертный репертуар Чудаковой. Она пела песни и романсы Сергея Рахманинова, Петра Чайковского, Николая Римского-Корсакого, Эдварда Грига, Фредерика Шопена, литовских и других европейских композиторов. Вышли её пластинки с произведениями Юозаса Пакальниса, Юозаса Груодиса, Вольфганга Амадея Моцарта, Жана-Батиста Веккерлена. Запись производилась в сопровождении камерного оркестра Литовской государственной филармонии во главе с маэстро Саулюсом Сондецкисом.
За вклад в развитие культуры и оперного искусства Литвы певице в 1964 г. было присвоено звание народного артиста Литовской ССР. В 1971 г. Е.Чудакова получила Государственную премию Литовской ССР.
Певица преждевременно умерла и похоронена на Антакальнисском кладбище. В прощальном слове тогдашний министр культуры Лёнгинас Шепетис говорил: «В эти дни в Вильнюсе на рекламной витрине у старого оперного театра, где помещен портрет Елены Чудаковой в черной раме, собралось столько народу, как бывало в дни ее спектаклей. Также ласково улыбалась она с портрета, только люди плачут… только ива, что стоит у театра, еще ниже склонила свои зеленеющие косы». И далее о её роли в музыкальном искусстве Литвы: «Искусство Елены Чудаковой навечно вошло в историю нашей музыкальной культуры, поднимая ее уровень и расширяя горизонты. Не померкнет ее имя… Двадцать лет не представляем без нее традиционной новогодней «Травиаты». Она неповторимая и непревзойденная Виолетта…». Сестра Елены Инесса Маковская заметила, что на её могиле на Антакальнисском кладбище в новогоднюю ночь кто-то всегда зажигает памятную свечу.
В 1983 г. в Вильнюсе вышла книга Юрате Вилюте «Елена Чудакова», а в 2008 г. – содержательная книга Инессы Маковской «Моя сестра Елена Чудакова: о времени, о людях, о себе». В 1995 г. был создан Фонд поддержки юных талантов имени Е.Чудаковой. На доме в Вильнюсе (улица Гоштауто, 4), где в 1963–1973 гг. жила певица, установлена памятная доска. Её именем названа улица в квартале Гудяляй Лаздинайской сенюнии в Вильнюсе.