44 metų futbolo specialistas profesionalaus futbolininko karjerą 1991 metais pradėjo Vilniaus „Žalgiryje“, o nuo 1995 metų gyveno ir darbavosi Danijoje.
1995-2005 m. jis gynė pajėgiausio to meto Danijos futbolo klubo – Kopenhagos „Brondby IF“ spalvas. Baigęs profesionalaus futbolininko karjerą A. Skarbalius treniravo įvairius šios šalies futbolo klubus.
2006-2009 m. jis darbavosi „Herfolge BK“ klube, 2009 -2011 m. – „HB Koge“ ekipoje, o 2011-2013 m. treniravo „Brondby IF“ komandą, vėliau dirigavo „Haslev FC“ ir „Viborg FF“ žaidimui.
2015 m. rudenį A. Skarbalius grįžo į „Brondby“ ir iki šių metų liepos darbavosi su šio klubo jaunimo (U19) komanda.
Dirbdamas Danijoje A. Skarbalius nepamiršo ir Lietuvos futbolo reikalų. Bendradarbiaudamas su Lietuvos futbolo federacija jis rengė specialius kursus šalies vaikų ir jaunimo treneriams, supažindino juos su nauja treniruočių metodika.
A. Skarbalius taip pat glaudžiai bendradarbiavo su Kauno „Inkaro“ ir Utenos „Utenio“ klubais. Utenoje jis ne tik konsultavo jaunuosius futbolininkus rengiančius trenerius, bet ir užėmė futbolo akademijos techninio vadovo postą.
„Žalgirio“ ekipoje A. Skarbaliaus laukia nauji iššūkiai. „Jei rimtai, tai didžiausias iššūkis buvo – apsispręsti sugrįžti į Lietuvą. Kita vertus, paskutiniais metais aš ne kartą lankiausi gimtinėje su įvairiais projektais, tad sulaukęs „Žalgirio“ vadovų skambučio tikrai apsidžiaugiau.
Pabendravus su klubo vadovais, susipažinus su jų filosofija, klubo strategija, dingo visos abejonės. Tad su dideliu užsidegimu laukiu naujo sezono pradžios!“, – teigė A. Skarbalius.
Nuo 2013 m. Lietuvos futbolo trofėjus kolekcionavę žalgiriečiai šiais metais užleido pozicijas. Sezoną pradėję pergale Supertaurės rungtynėse, rudenį jie pralaimėjo LFF taurės turnyro finalinę dvikovą su Kauno „Stumbru“, o čempionate nusileido pirmą kartą klubo istorijoje aukso medalius iškovojusiai Marijampolės „Sūduvos“ ekipai.
Nesėkmingas sezono finišas lėmė trenerių permainas: spalį pasitraukė nuo 2015 m. pradžios ekipai vadovavęs Valdas Dambrauskas, pasibaigus sezonui su klubu atsisveikino ir vyriausiojo trenerio pareigose jį pakeitęs baltarusis Aleksandras Brazevičius.
„Žalgirio“ sporto direktoriaus Mindaugo Nikoličiaus teigimu su A. Skarbaliaus atėjimu prasideda naujas komandos veiklos ciklas. „Turėjome pasirinkti naują kryptį, strategiją ir žmogų, kuris turėtų vesti komandą į priekį.
Aurelijus buvo mūsų pagrindinis kandidatas. Visą savaitgalį mes labai produktyviai bendravome, diskutavome apie klubo veiklos kryptis, komandos formavimą. Galvojame, kad jis yra idealus kandidatas. Jis atitiko visus „Žalgirio“ vyriausiojo trenerio kriterijus.
Neabejoju, kad galime suburti stiprią komandą ir susigrąžinti tai ką praradome bei žengti dar toliau“, – pareiškė Mindaugas Nikoličius.