Vilniaus Šv. Kazimiero bažnyčią 1604-1635 m. pastatė Lietuvoje įsikūrę jėzuitai, remiami karaliaus Zigmanto Vazos, Lietuvos diduomenės ir miestiečių.
Kaip anuomet įprasta, po didžiuoju bažnyčios altoriumi buvo įrengta kripta - laidojimo vieta jėzuitams ir jų geradariams.