Komisijos nuomone, taikydami derybų procedūrą be išankstinio kvietimo dalyvauti konkurse, „Lietuvos geležinkeliai“ pažeidė ES viešųjų pirkimų taisykles. Per du mėnesius nesulaukusi tinkamo atsako, šį klausimą Komisija gali perduoti svarstyti Europos Teisingumo Teismui.
Paskelbę pranešimą apie atvirą konkursą dėl minėtosios sutarties, „Lietuvos geležinkeliai“ nusprendė du gautus pasiūlymus atmesti kaip netinkamus remdamiesi tuo, kad jie neatitinka tam tikrų konkurso dokumentuose nurodytų techninių reikalavimų.Bendrovė nusprendė neskelbti kvietimo dalyvauti konkurse ir taikyti derybų procedūrą.
Tačiau Komisija mano, kad gautų pasiūlymų negalima laikyti netinkamais, nes jie galėjo atitikti perkančiosios organizacijos nustatytą tikslą.Todėl perkantysis subjektas neturėjo teisės taikyti derybų procedūros be išankstinio kvietimo dalyvauti konkurse.
„Lietuvos geležinkeliai“ griežtai atmeta bet kokius kaltinimus, kad vykdant pirkimo procedūras galėjo būti pažeistos Lietuvos Respublikos ar Europos Sąjungos teisės aktų, reglamentuojančių viešuosius pirkimus, nuostatos.
Anot bendrovės, vadovautasi įstatymais, o pasiūlymą vertino nepriklausomas techninis ekspertas - Vokietijos bendrovė „Quattron Management Consulting GmbH”.