Bendrovė buvo kritikuojama dėl trukdžių, įgyvendinant bendrą Baltijos valstybių geležinkelių projektą „Rail Baltica“, dėl netinkamo bendradarbiavimo su EK, prasto valdymo ir mažų dividendų valstybei.
Dalia Grybauskaitė 2015 metų liepą kritikavo „Lietuvos geležinkelius“, kad šie tinkamai nebendradarbiauja su Europos Komisija, kai ši atliko tyrimą dėl išardytų bėgių į Latviją. Tuomet D.Grybauskaitė teigė, kad įmonei gresia dešimčių milijonų eurų bauda už išardytą kelią į Latviją.
„Lietuvos geležinkeliai“ turėjo problemų ir dėl išardyto geležinkelio į Rengę Latvijoje - dėl to „Orlen Lietuvos“ prašymu Europos Komisija pradėjo tyrimą, kurio išvada kol kas nėra paskelbta. EK šiemet pasiūlė alternatyvą - vietoj kelių dešimčių milijonų baudos įvykdyti pertvarką bendrovėje, atskiriant infrastruktūrą nuo krovinių ir keleivių pervežimo.
Prezidentė pernai liepą pat kritikavo geležinkelius, kad įmonė netinkamai teikia paraiškas Europos Sąjungos paramai gauti. Tuomet bendrovė dėl netinkamai pateiktos paraiškos negavo 75 mln. eurų prašytos paramos „Rail Baltica“ ruožui nuo Lenkijos iki Kauno signalizacijai įrengti. Vėliau geležinkeliai paraišką tikslino ir pateikė ją per bendrą Baltijos šalių įmonę „RB Rail“ - šiemet EK lėšų projektui skyrė.
2016 metų birželį D.Grybauskaitė metiniame pranešime kritikavo valstybės valdomas susisiekimo įmones, kad šios veikia neefektyviai, nemoka dividendų.
„Pertvarkų vengimas ir negebėjimas susikalbėti su Europos Komisija, valstybe valstybėje virtusiuose „Lietuvos geležinkeliuose“, mums visiems gali atsieiti ne tik milijonines baudas, bet ir pašlijusią šalies reputaciją“, - skaitydama metinį pranešimą sakė D.Grybauskaitė.
Tuomet susisiekimo ministras Rimantas Sinkevičius BNS prezidentės priekaištų nekomentavo.
Kalbėdama apie tai, kad „Lietuvos geležinkeliai“ ilgiausiai iš visų šalių delsė pasirašyti europinės vėžės „Rail Baltica“ viešųjų pirkimų sutartį ir dėl to iš EK sulaukė įspėjimų, kad gali netekti 320 mln. eurų finansavimo, D.Grybauskaitė šių metų spalį pareiškė, kad įmonės savivalė kenkia šalies reputacijai. Ji taip pat pabrėžė, kad Vyriausybė turėtų apriboti „amžinų vadovų“ kadencijas.
Investuotojų asociacijos valdybos narys Vaidotas Rūkas bendrovę pernai kritikavo, kad ši nusprendė paremti 3 mln. eurų paskola bankrutuojančią valstybės valdomą „Lietuvos jūrų laivininkystę“. V.Rūkas taip pat ne kartą teigė, kad įmonėje trūksta skaidrumo ir jos finansinės ataskaitos neatitinka tarptautinių apskaitos standartų, tad net neaiški reali finansinė jos padėtis.
BNS šiemet lapkritį atskleidė, kad „Lietuvos geležinkeliai“ paramą skirstė Vilkaviškio rajono ir Mažeikių rajono lopšeliams, darželiams ir sporto mokykloms. Vilkaviškio vienmandatėje apygardoje premjeras Algirdas Butkevičius į Seimą kandidatuoja nuo 1996 metų, o Mažeikiuose savivaldybės tarybos nariu dirba ministro pirmininko patarėjas susisiekimo klausimais Darius Jarmantavičius. „Lietuvo geležinkelių“ keliavo ir kitoms su socialdemokratais susijusioms viešosioms įstaigoms.
Portalas 15min.lt šią savaitę paskelbė, kad „Lietuvos geležinkeliai“ nemažiau kaip už 44,92 mln. eurų per savo antrinę įmonę Vilniaus lokomotyvų remonto depą be konkurso iš Rusijos bendrovės „Transmašholding“ pirko lokomotyvus.
2013 metų lapkritį STT pradėjo ikiteisminį tyrimą dėl „Lietuvos geležinkelių“ ir jos antrinės bendrovės „Gelsaugos“ vidaus sandorių. Įtariama, kad bendrovių vadovai piktnaudžiaudami tarnyba 2013 metais neskaidriai organizavo didelės vertės infrastruktūros remonto ir statybos darbų viešuosius pirkimus. Neoficialiai teigiama, kad šis tyrimas artėja į pabaigą.
Šių metų lapkritį Viešųjų pirkimų tarnyba nurodė „Lietuvos geležinkeliams“ nutraukti 200 tūkst. eurų vertės LED šviestuvų pirkimo konkursą, kurio sąlygos buvo sukurtos specialiai vienam tiekėjui - „ Korgui“.
Liepą VPT nurodė „Lietuvos geležinkeliams“ nutraukti 2,925 mln. eurų vertės variklinės alyvos konkursą, kuriame atmetė 6 iš 7-ių dalyvių pasiūlymus - neatmestas tik brangiausias Italijos bendrovės „Pakelo Motor Oil“ pasiūlymas.