Karantino režimo įvedimas yra pagrindas taikyti tam tikras Administracinių nusižengimų kodekso nuostatas, o jo nesilaikymas gali užtraukti ir baudžiamąją atsakomybę.
Administracinių nusižengimų kodekso (ANK) 45 straipsnio 1 dalyje numatyta administracinė atsakomybė tam, kas pažeidė Lietuvos Respublikos žmonių užkrečiamųjų ligų profilaktikos ir kontrolės įstatymą, kurio pagrindu ir paskelbtas karantininis režimas bei nustatyti atitinkami ribojimai. Būtent šių ribojimų nesilaikymas ir užtraukia administracinę atsakomybę. Griežtesnė atsakomybė numatyta šio straipsnio 3 dalyje tam, kas, pažeidęs įstatymą, sukėlė pavojų išplisti pavojingoms ar ypač pavojingoms užkrečiamosioms ligoms. Už šį administracinį nusižengimą gali būti skiriama bauda iki 560 eurų fiziniam asmeniui ir iki 3000 eurų juridinio asmens vadovui ar atsakingam asmeniui. Pagal šį ANK straipsnį gali būti baudžiami asmenys, kurie nesilaiko saviizoliacijos reikalavimo, savavališkai pasišalina iš gydymo įstaigos, atsisako tirtis dėl pavojingos užkrečiamos ligos ir pan. Taip pat šis ANK straipsnis gali būti taikomas juridinio asmens, pavyzdžiui, teikiančio maitinimo paslaugas, vadovui, kuris, nepaisydamas draudimų, vykdo prekybą, organizuoja viešuosius renginius ir pan.
ANK 46 straipsnyje numatyta administracinė atsakomybė tam, kas nesilaiko žemesnės galios teisės aktų reikalavimų – savivaldybių tarybų sprendimų ar savivaldybių administracijų direktorių įsakymų dėl kovos su žmonių užkrečiamųjų ligų protrūkiais ir epidemijomis. Šis pažeidimas, ypač jeigu jis padarytas pakartotinai, užtraukia baudą iki 150 eurų fiziniam asmeniui ir iki 600 eurų juridinio asmens vadovui ar atsakingam asmeniui.
Karantino režimo pažeidimas, sukėlęs ar galėjęs sukelti rimtas pasekmes žmonių sveikatai, užtraukia pačią griežčiausią – baudžiamąją - atsakomybę. Baudžiamojo kodekso (BK) 277 straipsnyje numatyta baudžiamoji atsakomybė už kovos su epidemijomis ar užkrečiamomis ligomis taisyklių pažeidimus. Šio straipsnio 1 dalyje numatyta baudžiamoji atsakomybė tam, kas pažeidė teisės aktų dėl sveikatos apsaugos reikalavimus ar užkrečiamųjų ligų profilaktikos kontrolės taisykles, jeigu dėl to išplito susirgimas ar kilo epidemija. Taigi šiuo atveju būtina nustatyti konkrečius padarinius – kito asmens ar kitų asmenų susargdinimą ar epidemijos kilimą.
To paties straipsnio 2 dalyje numatyta baudžiamoji atsakomybė fiziniam asmeniui, kuris, būdamas medicinos įstaigos informuotas apie savo ligą ir įspėtas dėl apsaugos priemonių, kurių jis privalo laikytis bendraudamas su žmonėmis, sukėlė pavojų kitam asmeniui užsikrėsti pavojinga infekcine liga. Toks asmuo gali būti nuteistas viešaisiais darbais arba bauda, arba laisvės apribojimu, arba areštu. BK 277 straipsnio 2 dalis taikoma nustačius, kad asmuo, kuris buvo tinkamai informuotas apie savo sveikatos būklę, įspėtas dėl būtinybės imtis apsaugos priemonių, sąmoningai jų nesiėmė ir savo veiksmais (lankydamasis viešose vietose, pasišalindamas iš gydymo įstaigos, bendraudamas su kitais asmenimis ir pan.) elgėsi rizikingai bei neatsakingai, turėdamas realią galimybę sukelti pavojų kitam asmeniui ar asmenims.
Šiuo atveju padarinių nustatymas nėra būtina baudžiamosios atsakomybės taikymo sąlyga; pakanka rizikos, kad toks asmuo, būdamas tinkamai informuotas apie savo ligą ir jos grėsmes kitiems asmenims, neatsargiais ir lengvabūdiškais veiksmais gali sukelti pavojų kitiems. Teismas, svarstydamas baudžiamosios atsakomybės taikymo pagal BK 277 straipsnio 2 dalį klausimą, turi pareigą įvertinti, ar asmens veiksmai buvo tiek pavojingi, kad jie užtrauktų pačią griežčiausią baudžiamąją atsakomybę, ar gali būti apsiribojama administracinės atsakomybės taikymu pagal ANK 45 straipsnio 3 dalį.
Atkreiptinas dėmesys, kad BK 277 straipsnyje numatytas nusikaltimas padaromas neatsargia kaltės forma. Jei tyrimo metu nustatoma, kad asmuo turėjo tikslą ir tyčią užkrėsti kitą asmenį sunkia liga, gali būti sprendžiamas klausimas ir dėl jo atsakomybės už sveikatos sutrikdymą ar net nužudymą, priklausomai nuo kilusių padarinių.