Tarptautinės bendruomenės požiūriu, tam, kad žala gamtai būtų realiai atlyginta, žalos faktas ir mastas turi būti nustatomi validžiais ir patikimais moksliniais duomenimis, kurie leistų parinkti individualiai pritaikytas aplinkos atkūrimo priemones bei atstatyti pažeistą gamtos elementą į pradinę būklę.
Dar 2004 metais Europos Parlamentas ir Taryba priėmė Direktyvą 2004/35/EB, kuria siekiama suvienodinti valstybių narių praktiką taikant atsakomybę už aplinkai padarytą žalą. Šios Direktyvos tikslas ir pagrindiniai principai akivaizdžiai rodo, kad žala gamtai turi būti nustatoma objektyviai, tiksliai, remiantis patikimais duomenimis, gautais naudojant cheminius, toksikologinius, biologinius arba ekonominius duomenis, geografinės informacijos sistemas ir modeliavimą. Europos Parlamento ir Tarybos direktyvoje 2000/60/EB, nustatančioje Bendrijos veiksmų vandens politikos srityje pagrindus, apibrėžta, kad žala turi būti „išmatuojamas neigiamas pasikeitimas“.
Pavyzdžiui, tais atvejais, kai aplinkai padaryta žala turi poveikį žmonių sveikatai, ji laikoma didele. O jeigu aplinkai padaryta žala yra mažesnė negu tipinių natūralių svyravimų (pvz., rūšies populiacijos individų skaičiaus svyravimų) daroma žala arba jeigu gamtos išteklius gali per trumpą laiką visiškai atsikurti, žala nelaikoma didele. Tačiau šios aplinkybės negali būti preziumuojamos, jos turi būti tiksliai ir preciziškai nustatomos.
Atsižvelgiant į gamtos, kaip „nukentėjusiojo“, specifiškumą, Direktyvoje 2004/35/EB žalos, nustatytos patikimais ir mokslinį validumą turinčiais duomenimis, atlyginimas siejamas ne su finansinėmis sankcijomis ar baudomis teršėjui, o su pažeisto aplinkos elemento atkūrimu, t.y. atstatymu į jos pradinę, iki incidento buvusią, būklę (realia restitucija ad integrum). Tik atkūrus aplinkos būklę, gamtai padaryta žala bus laikoma atlyginta.
Nustatant aplinkos atkūrimo priemones, svarbu įvertinti tris komponentus: i) gamtai padarytos žalos reikšmingumą (dydį), ii) pirminę būklę ir iii) priežastingumą; kiekvienas iš kurių yra labai svarbus nustatant reikalingų žalos ištaisymo veiksmų apimtį ir mastą ir užtikrinant, kad pasirinktos žalos ištaisymo priemonės yra tinkamos, būtinos ir atitinka žalos aplinkai pobūdį ir mastą.
Žalos ištaisymas pagal Direktyvą 2004/35/EB skirstomas į tris kategorijas: (i) pirminis, (ii) papildomas ir (iii) kompensuojamasis ištaisymas. Nors visų trijų žalos ištaisymo rūšių tikslas – gamtos išteklių atkūrimas, jos skiriasi savo esme ir įgyvendinimu. Žalos ištaisymo paskirtis – atkurti išteklius ir (arba) funkcijas, kurioms buvo padaryta žala, iki arba link jų pirminės būklės, t. y. būklės, kuri būtų buvusi, jei nebūtų buvusi padaryta žala aplinkai.
Direktyvos tikslams ir bendrai Europos Sąjungos politikai dėl gamtai padarytos žalos atlyginimo iliustruoti galima panaudoti paprastą pavyzdį – jeigu dėl incidento pablogintų žvejybos išteklių teritorijoje, kurioje padaryta žala, pirminio žalos ištaisymo priemonėmis galima sėkmingai atkurti 50 % žvejybos išteklių (pavyzdžiui, surenkant teršalus, apgyvendinant rūšis, sudarančias maisto tinklą, nuo kurio priklauso žuvys ir kita laukinė gyvūnija ir pan.), kitoje vietovėje galima imtis papildomo žalos ištaisymo priemonių, kuriomis būtų atkurti likusieji 50 %, kad bendras žvejybos išteklių abiejose teritorijose dydis siektų 100 % (tokiomis papildomomis priemonėmis galėtų būti, pavyzdžiui, rūšių produktyvumo padidinimas, saugomų buveinių išvalymas ir pan.).
Taigi ne dideliais ieškiniais, o kryptingomis į pažeisto gamtos elemento atkūrimą orientuotomis priemonėmis turi būti grįstas žalos, padarytos gamtai, atlyginimas. Nors Lietuva dar 2005 metais perkėlė Direktyvą 2004/35/EB į savo vidaus teisės sistemą, už jos taikymą atsakinga institucija vis dar gyvena „po senovei“.
Reikalaudamas žalos gamtai atlyginimo atsakingos institucijos prioritetą turėtų suteikti aplinkos atkūrimo priemonėms. Tokio Direktyvos 2004/35/EB įgyvendinimo reikalauja ir Aplinkos ministro 2006-05-16 įsakymu patvirtintas Aplinkos atkūrimo priemonių parinkimo bei išankstinio pritarimo gavimo tvarkos aprašas. Patvirtinus aplinkos atkūrimo priemonių planą turėtų būti laikoma, kad žala gamtai atlyginta.
Tačiau administracinėje praktikoje kažkodėl „prioretizuojamas“ 2002 metais Aplinkos ministro įsakymu patvirtintos metodikoje (toliau – Metodika) numatytas „kabinetinis“ žalos skaičiavimas. Pastarasis daugelyje atvejų nieko bendro neturi su realios žalos gamtai nustatymu ir faktiškai yra baudinės netesybos , kurių taikymas expressis verbis prieštarauja ne tik Direktyvai 2004/35/EB bei 2013 metais Europos Komisijos paskelbtoms gairėms (Europos Komisija, Eftec“ ir Stratus Consulting), tačiau taip pat ir nacionalinei teisės sistemai bei vieningai teismų praktikai.
Taikant Metodiką, žalos dydis įprastai yra nustatomas abstrakčiai (in abstracto), o ne konkrečiai (in concreto), kaip tai numatyta Direktyvos 2004/35/EB preambulės 13 punkte); nėra nustatoma pirminė gamtos būklė (atlygintinos žalos dydis tiesiogiai koreliuoja su tuo, kokia buvo pirminė objekto, kuriam padaryta žala, būklė); Metodikos formulėse nėra aptarta ir kita itin svarbi dedamoji – neigiamo poveikio aplinkai reikšmingumas, natūralaus aplinkos atsikūrimo galimybės ir laikas, o tai, priklausomai nuo konkrečių faktinių aplinkybių (pvz., teršalų išbuvimo vandenyje laiko, dirvožemio sudėties ir pan.), gali skirtis.
Į tą aplinkybę, kad Lietuvoje ydingai atliekami gamtai padarytos žalos tyrimai ir ypač retai yra atliekami specialūs tyrimai kiekvienu individualiu atveju žalai nustatyti, yra atkreipusios dėmesį ir nacionalinės valstybinės institucijos. Specialiųjų tyrimų tarnyba savo tyrime dėl korupcijos rizikos Aplinkos apsaugos departamente nurodė, kad žalos aplinkai prevencija ir atlyginimas (ištaisymas) yra viena iš svarbiausių teisinės aplinkos apsaugos priemonių, todėl teisės aktuose turi būti įtvirtinta aiški žalos, padarytos aplinkai, atlyginimo ir išieškojimo tvarka. Tačiau korupcijos rizikos analizės metu nustatyta, kad šioje srityje taip pat esama teisinio reglamentavimo spragų. Žalos gamtai nustatymo trūkumus konstatavo ir Valstybės kontrolė bei Generalinė prokuratūra Valstybės kontrolės 2020-05-04 Valstybinio audito ataskaitoje dėl aplinkos apsaugos ir taršos prevencijos veiklos efektyvumo ir rezultatyvumo.
Lietuvoje net ir priteisus šią žalą, ji nukreipiama į valstybės biudžetą, o nukentėjusi gamta iš to negauna jokios apčiuopiamos naudos. Tokia praktika, kai „teršėjas“ formaliai yra nubaudžiamas, bet žala gamtai neatlyginama, akivaizdžiai prieštarauja Direktyvos 2004/35/EB nuostatoms ir Europos Komisijos oficialiai pozicijai dėl to, kaip turi būti aiškinamos ir taikomos šios Direktyvos nuostatos.
Lietuvos institucijų praktikoje pasitaiko ir tokių atvejų kai iš „teršėjo“ reikalaujama aplinkos atkūrimo priemonių taikymo, žalos, apskaičiuotos pagal Metodiką atlyginimo, o taip pat ir reikalaujama retrospektyviai sumokėti padidintos taršos mokestį, kuris, jei būtų sumokėtas laiku, iš esmės eliminuotų tiek civilinio ieškinio, tiek aplinkos atkūrimo priemonių pareiškimo ir taikymo teisinį bei faktinį pagrindus. Valstybinės institucijos, taikydamos visas įmanomas žalos atlyginimo ir teisinės atsakomybės priemones (mokestinę, administracinę dėl aplinkos atkūrimo priemonių, civilinę dėl žalos atlyginimo), išpūsdamos mokėtinas sumas, sukonstruoja „didelę žalą“, kas sudaro pagrindą teisėsaugos institucijoms taikyti baudžiamosios atsakomybės priemones ir kriminalizuoti ekologinių incidentų reguliavimo situacijas ir (ar) sukelti didelį atgarsį visuomenėje.
Netinkamo atsakomybės už žalą aplinkai taikymo neigiami padariniai tenka, pirmiausia, gamtai (jos elementui), kadangi realiai, net ir teršėjui sumokėjus tam tikrą sumą pinigų, gamtos elementas nėra atkuriamas. Taip pat sukeliama teisinio neaiškumo situacija, kai gamtai žalą padariusiam subjektui, naiviai besitikinčiam galimybės atlyginti gamtai padarytą žalą pagal tarptautinius standartus, kuriuos bent jau oficialiai teigia inkorporavusi ir Lietuva, de facto pritaikoma ekonominė sankcija, o už savo veiksmus jis neretai yra nubaudžiamas du ar net tris kartus.
Su tokiais iššūkiais ir teisinio netikrumo situacija gali susidurti bet kuris ūkio subjektas, vykdantis pramoninę ir (ar) kitokią veiklą, kurioje kyla grėsmė su žala aplinkai susijusiam incidentui kilti. Dabartinė administracinė praktika yra tokia, kad ekonominiam subjektui, pažeidusiam gamtos elementą, net ir siekiančiam reabilituotis bei atlyginti žalą, pagalbos rankos valstybė (jos atsakingos institucijos) neištiesia. Suklydusį bevelėjama užmėtyti akmenimis.