Vienas iš tokių teisinio reguliavimo mechanizmų yra įtvirtintas Europos Parlamento ir Tarybos 2004 m. balandžio 12 d. direktyvoje 2004/35/EB dėl atsakomybės už aplinkos apsaugą siekiant išvengti žalos aplinkai ir ją ištaisyti (atlyginti).
Direktyvoje įtvirtintas pamatinis aplinkos apsaugos politikos tikslas – veiksmingas ir greitas aplinkos būklės atkūrimas, t. y. aplinkos būklės ankstesnės padėties atstatymas (žalos atlyginimas natūra), atsitikus incidentui, dėl kurio buvo padaryta žala gamtai, taikant mokslinių tyrimų duomenimis pagrįstas, veiksmingas, individualizuotas aplinkos atkūrimo priemones.
Žalos ištaisymas pagal Direktyvą yra pirminis, papildomas ir kompensuojamasis. Pirminio žalos ištaisymo paskirtis – atkurti išteklius ir (arba) funkcijas iki jų pirminės būklės, įskaitant neatidėliotinus veiksmus žalai sustabdyti (pavyzdžiui, žalą sukėlusiems teršalams išvalyti). Jei šių veiksmų nepakanka, reikia imtis papildomos žalos ištaisymo veiklos (ne žalos žemei atveju). Pagal Direktyvą tokios veiklos pagrindu laikoma funkcija ar ištekliai, o ne piniginė kompensacija. Taip užtikrinama, kad pirmiausia būtų siekiama atkurti gamtos išteklius ir (arba) funkcijas, kurie buvo neigiamai paveikti dėl aplinkai padarytos žalos.
Pavyzdžiui, įtrūksta cisterna su pavojingomis cheminėmis medžiagomis ir teršalai išteka į gretimą upę: iki Direktyvos įgyvendinimo, priklausomai nuo valstybės narės nacionalinės teisės aktų, subjektas būtų ėmęsis veiksmų sustabdyti taršą (sutaisęs įtrūkusią cisterną); jis taip pat būtų galėjęs imtis tam tikrų žingsnių išvalyti užterštą dirvožemį ar nuosėdas (pridėti neutralizuojančių medžiagų, iškasti dirvožemį arba nuosėdas). Taikant Direktyvą to neužtenka – reikia įvertinti ir natūra, o ne pinigais kompensuoti šio išsiliejimo poveikį aplinkai, t.y. pavyzdžiui, jei esant pirminei būklei, upėje buvo keturios sveikos žuvys, o po išsiliejimo liko tik viena, tai valymo (pirminio ištaisymo) veiksmais užtikrinama, kad dar viena žuvis sugrįš į upę, o po to imamasi papildomų žalos ištaisymo veiksmų, kad dar dvi žuvys grįžtų į upę, t.y. būtų sugrąžinta pirminė būklė su keturiomis žuvimis.
Nepaisant to, kad Direktyva jau yra taikoma ne pirmus metus, jos nuostatų aiškinimas ir taikymas Lietuvoje vis dar kelia pagrįstų abejonių, ar ji yra tinkamai perkelta į nacionalinius teisės aktus ir ar kompetentingos institucijos tinkamai taiko tą reguliavimą.
Vienas iš daugiausiai klausimų ir diskusijų keliantis Direktyvos taikymo aspektų yra administracinėje ir teismų praktikoje taikomas žalos gamtai fakto nustatymo metodas. Lietuvoje institucijos žalos faktą paprastai vis dar kildina iš taršos fakto, nepaisant to, kad tarša nebūtinai sukelia žalą gamtai (tą yra konstatavęs Europos Sąjungos Teisingumo Teismas pvz. byloje Bosphorus Queen Shipping Ltd Corp. prieš Rajavartiolaitos).
Žala gamtai turi būti nustatoma moksliniais tyrimais, kadangi taršos patekimas į gamtinę aplinką ne visais atvejais kokybiškai ar kiekybiškai neigiamai paveikia gamtos elementus, o jei poveikį ir daro, tai jis gali būti momentinis, nesukeliantis ilgalaikio aplinkosauginio efekto ir (ar) natūraliai atsistatantis. Todėl taršos fakto nustatymas savaime nereiškia didelės žalos gamtai fakto. ai gali skambėti paradoksaliai, tačiau žala gamtai gali neatsirasti net ir tais atvejais, kai taršos kiekiai būna dideli, o teršimo laikotarpis ilgai trunkantis. Kiekvienu atveju nustatant gamtai padarytos žalos faktą, yra būtina atsižvelgti į skirtingų parametrų visumą: gamtos elemento, kuriam galėjo būti padarytas neigiamas poveikis, specifiką, į tai, ar poveikis yra reikšmingas, ar jis yra trumpalaikis, į teršalų pobūdį (organinė tarša ar neorganinė, pavojinga ar nepavojinga, bioskaidi, ar ne), į gamtinę aplinką išleistų taršalų dalį bendroje taršoje, natūralaus gamtinio elemento atsistatymo galimybes.
Lietuvoje žalos gamtai (aplinkos elementui) faktas ir mastas daugeliu atvejų yra nustatinėjamas ne specialiais moksliniais tyrimais, o pagal standartizuotą matematinę formulę, įtvirtintą dar 2002 m. aplinkos ministro patvirtintoje Aplinkai padarytos žalos atlyginimo dydžių apskaičiavimo metodikoje. Taikant Metodiką žalos dydis įprastai yra nustatomas tik abstrakčiai, o ne konkrečiai, kaip tai numatyta Direktyvoje. Nėra nustatoma pirminė gamtos būklė, neigiamo poveikio aplinkai reikšmingumas, natūralaus aplinkos atsikūrimo galimybės ir laikas, o tai, priklausomai nuo konkrečių faktinių aplinkybių (pvz., teršalų išbuvimo vandenyje laiko, dirvožemio sudėties ir pan.) gali skirtis.
Atkreiptinas dėmesys ir į tai, kad Lietuvos atsakingos institucijos žalos gamtai atlyginimo atveju prioritetą teikia ne aplinkos atkūrimo priemonių įgyvendinimui kaip tai nustatyta Direktyvoje, o reikalavimams sumokėti pagal Metodikoje nustatytas formules apskaičiuoto dydžio preziumuojamą žalą. Žalos dydis nėra individualizuojamas nei pagal teršėjo realiai atliktus veiksmus, nei pagal tokių veiksmų faktinius, realius padarinius. Susidaro situacija, kai iš „teršėjo“ reikalaujama didesnė suma, nei reikia žalai atlyginti, taip pritaikant baudinio pobūdžio sankcijas, kas prieštarauja Direktyvos nuostatoms ir Europos Komisijos pozicijai dėl jos nuostatų aiškinimo ir taikymo. Šią situaciją iliustruoja Lietuvoje pasitaikęs atvejis, kai už neteisėtą sumedžiotą vedžiojančią (maitinančią) stumbrę ir vėliau nugaišusį jos jauniklį Aplinkos apsaugos departamentas, taikydamas standartizuotą formulę, paskaičiavo, kad gamtai padaryta daugiau nei 36,5 tūkst. eurų žala. Tuo tarpu, jei kaltininkui būtų buvusios sudarytos galimybės taikyti aplinkos atkūrimo priemones (atkurti gamtą į girią įleidžiant du stumbrus), jo išlaidos siektų ne daugiau kaip 10 tūkst. eurų (vidutinė stumbro kaina svyruoja nuo 2 tūkst. eurų iki 4 tūkst. 200 eurų, priklausomai nuo jo amžiaus, svorio ir kitų charakteristikų).
Pažymėtina ir tai, kad didelės žalos požymis bylose negali būti tuo pat metu nustatinėjamas ir įrodinėjamas dviem skirtingais metodais: pagal specialistų atliktus ekspertinius tyrimus, kurių pagalba yra nustatomas gamtos elemento pažeidimo apimtis ir (ar) kompetentingų institucijų pareikštus civilinius ieškinius, kuriuose žalos gamtai faktas yra kildinamas iš taršos fakto, o dydis nustatomas pritaikant Metodikoje nurodytus koeficientus, kuriais yra dauginami į gamtinę aplinką išleisti teršalai, nepaisant to, kad abu šie žalos gamtai fakto ir dydžio metodai yra konceptualiai skirtingi.
Neretai pasitaiko ir tokių situacijų, kai kompetentingos institucijos reikalauja žalą atlyginti du, o kai kuriais atvejais ir tris kartus, taikydamos visas iš karto teisinės atsakomybės priemones (mokestinę, administracinę, civilinę), išpūsdamos sumas ir sukonstruodamos „didelę“ žalą gamtai, taip sukurdamos pagrindą teisėsaugos institucijoms taikyti baudžiamosios atsakomybės priemones ir kriminalizuoti ekologinių incidentų reguliavimo situacijas ir (ar) sukelti didelį atgarsį visuomenėje. Tokiu Direktyvos „kūrybišku“ taikymu paneigiama galimybė pagreitintu būdu įgyvendinti aplinkos atkūrimo priemones, geranoriškai atlyginti žalą pažeistam gamtos elementui atstatant jį į pirminę būklę. Teisminėje praktikoje yra gausu atvejų, kai teršėjas yra visiškai ar didžiąja dalimi atkūręs aplinką ir pašalinęs žalą, tačiau ir toliau atsakingos institucijos neatsisako civilinio ieškinio dėl žalos atlyginimo, kurio teisinis pagrindas yra Metodikos nuostatos. Taip apsunkinama galimybė įgyvendinti aplinkos atkūrimo priemones ir dėl to, kad pareiškus milijoninius ieškinius dėl žalos gamtai atlyginimo ši informacija ne tik yra išviešinama sukuriant kalto asmens įspūdį, bet taip pat taikomi ir nuosavybės teisių apribojimai.
Iš Direktyvos kildinamu teisiniu reguliavimu ir administracine praktika, visų pirma, turėtų būti užtikrinama, kad nacionalinės kompetentingos institucijos privaloma tvarka prioritetiškai apsvarstytų, kaip atkurti gamtos išteklius ir (arba) funkcijas, kurie buvo neigiamai paveikti dėl aplinkai padarytos žalos, rūšis ir kiekius lygiavertėmis rūšimis ir kiekiais. Taikant Direktyvą du pagrindiniai veiksniai, pagal kuriuos nustatoma reikalingo kompensuojamojo ištaisymo apimtis, – būklės pablogėjimo, palyginti su pradine būkle (pavyzdžiui, po teršalų išleidimo) mastas ir laikotarpis, kurio reikia pradinei būklei grąžinti.
Priešingu atveju, t.y. taikant žalos gamtai atlyginimo pinigais procedūrą ne tik nepasiekiamas aplinkosauginis efektas, tačiau taip pat paneigiami ir Direktyvos teisinio reguliavimo tikslai – atstatyti pažeistą gamtos elementą ar iš gamtinės aplinkos pašalinti išleistą teršalų kiekį siekiant grąžinti gamtos elementą į pradinę būklę. Piniginio reikalavimo, t.y. Metodika grindžiamo ieškinio dėl žalos atlyginimo pareiškimas gali būti taikomas tik kaip kraštutinė priemonė. Deja, šis metodas prioritetą teikiant piniginiams reikalavimams aplinkosauginių incidentų atvejais vis dar daro įtaką nacionalinių institucijų dešimtmečiais formuojamai administracinei praktikai aiškinant ir taikant Direktyvą. Tokia žalos atlyginimo praktika, be kita ko, lemia ir tai, kad net ir priteisus iš „teršėjų“ tam tikras pinigų sumas, jos nėra tiesiogiai ir privalomai skiriamos pažeistam gamtos elementui atkurti, kadangi patenka į bendrą valstybės biudžetą. Tokiu būdu nepasiekiami ir Direktyvoje nustatyti tikslai.