Šalia bažnyčios esančiuose vienuolyno pastatuose įsikūrė seserys bernardinės, priėmusios griežtą klauzūrą. Vienuolyno patalpas joms buvo galima palikti tik karo, maro ar gaisro metu. Nors vienuolynas buvo uždarytas ir apleistas, iki šių dienų išlikusios ansamblio architektūros detalės liudija apie uždarą seserų bendruomenės gyvenimą.
„Open House Vilnius 2016“ renginio metu dalyviams buvo suteikta galimybė ne tik apžiūrėti muziejaus įspūdingas ansamblio erdves, bet ir tas patalpas, kurios liko uždaros iki šių dienų: buvusio vienuolyno vidinį kiemą, koridorius, celes, Sapiegų šeimos herbu papuoštą valgomąjį bei virtuvę su autentišku kaminu.