1990 m. mėnesį įvykusiame Lietuvos demokratinės darbo partijos (LDDP) steigiamajame suvažiavime buvo išrinktas jos pirmininku ir tapo didžiausios Lietuvos politinės partijos vadovu.
1992 m. spalio mėnesį Lietuvos demokratinės darbo partijos (LDDP) laimėjus rinkimus į Seimą, buvo išrinktas Seimo pirmininku. Įsigaliojus naujai Konstitucijai jis kaip Seimo pirmininkas lapkričio 25 d. ėmė laikinai eiti prezidento pareigas.
1993 m. vasario 14 d. laimėjo Prezidento rinkimus 5 metų kadencijai, už jį balsavo 60 % rinkėjų.
1998 m. vasario 26 d. dieną kadenciją baigusį A. Brazauską pakeitė Prezidento rinkimus laimėjęs Valdas Adamkus. A. Brazauskas prezidento rinkimuose nedalyvavo.
Nuo 2001 iki 2006 metų iki ėjo premjero pareigas.
Po sunkios ligos A. M. Brazauskas mirė 2010 metų birželio 26 dieną.