2002 metais sukurtos licencijuotų sandėlių ir sandėliavimo dokumentų sistemos teisinės bazės tikslas buvo sudaryti galimybes ūkininkams, žemės ūkio bendrovėms ar kitoms žemės ūkio įmonėms ne tik saugoti savo grūdus ar kitus augalininkystės produktus licencijuotuose sandėliuose, bet ir juos įkeisti kredito įstaigoms bei iš jų gauti trumpalaikes paskolas be jokių kitų papildomų garantijų, nes kredito įstaigoms papildomą garantiją užtikrintų Licencijuotų sandėlių kompensavimo fondas.
Šiuo metu tik 2 įmonės yra gavusios licencijas verstis sandėlio veikla, bet produkcijos finansų įstaigoms nėra įkeitusios ir įsipareigojimų finansų įstaigoms neturi. Atsižvelgiant į tai, kad per 20 metų suinteresuotumo dalyvauti Licencijuotų sandėlių kompensavimo fondo veikloje ūkio subjektai nerodė, ir į pasikeitusias skolinimosi sąlygas rinkoje, konstatuota, kad šio fondo veiklos tęsimas netikslingas.
Sukauptos Licencijuotų sandėlių kompensavimo fondo lėšos yra valstybės iždo specialiojoje sąskaitoje, kurios įplaukų ir išmokų apskaitą tvarko Finansų ministerija, o fondo lėšų apskaitą tvarko fondo administratorius – Žemės ūkio agentūra prie Žemės ūkio ministerijos.
2023 m. gruodžio 31 d. fondo lėšas sudarė 514,86 tūkst. Eur, iš jų: valstybės biudžeto lėšos iš Žemės ūkio ministerijos Kaimo plėtros ir verslo skatinimo programos 411,55 tūkst. Eur, iš investavimo gautos pajamos 98,28 tūkst. Eur, įnašai iš įmonių 5,03 tūkst. Eur. Licencijuotų sandėlių kompensavimo fonde esančios lėšos nebuvo naudojamos, nes prekių savininkai, kurie minėtuoju laikotarpiu laikė licencijuotuose sandėliuose grūdus, nepatyrė jokių nedraudžiamųjų įvykių ir su jais susijusių nuostolių, todėl nebuvo poreikio kompensacijoms naudoti fondo lėšas.
Nutraukus Licencijuotų sandėlių kompensavimo fondo veiklą, Žemės ūkio agentūra prie Žemės ūkio ministerijos likusias fondo lėšas grąžins Žemės ūkio ministerijai ir sandėliams proporcingai sumokėtiems jų įnašams. Likusios fondo lėšos, vadovaujantis Biudžeto sandaros įstatymu, bus grąžintos į valstybės iždo sąskaitą ne vėliau kaip iki 2025 m. sausio 10 d. Grąžintinų į valstybės iždo sąskaitą lėšų panaudojimo klausimas bus sprendžiamas Ministro Pirmininko, finansų ministro ir žemės ūkio ministro pasitarimuose, planuojant 2025–2027 metų asignavimus ir siekiamus rezultatus žemės ūkio veiklos srityje.