E. Markšaitis gimė Vilniuje, 1969 m. gegužės trečią dieną. 1987 m. baigė Antakalnio 18-ą vidurinę mokyklą ir tais pačiais metais įstojo į Maskvos Lomonosovo universitetą. Mokslus jame baigė 1992 m. Po studijų mokėsi doktorantūroje, dirbo Vilniaus universiteto Matematikos fakultete dėstytoju.
1994 m. stojo tarnauti į Valstybės sienos apsaugos tarnybą, nuo 2001 m. dirbo Muitinės kriminalinėje tarnyboje. 2007 m. iš valstybinės tarnybos išėjo į privatų verslą - dirbo analitiku banke.
1994 m. susituokė ir susilaukė dviejų dukrų.
Kalnai Ernestą patraukė dar vaikystėje - sužavėjo mamos pasakojimai. Pirmą kartą į kalnus išėjo 2007 metais ir paniro į juos visa galva ir širdimi.
Tobulino įgūdžius, treniravo kūną ir dvasią, mokėsi atpažinti pavojus, pasiruošti atšiauriausioms sąlygoms, saugiai leistis ir kilti, apsisukti ir grįžti, net jeigu viršūnė ir būdavo ranka pasiekiama. Pasitikėjo žmonėmis, kuriuos sutiko kalnuose. Jie tapo draugais iki gyvenimo galo.
Lengvų kelių neieškojo ir buvo patikimas bendražygis, draugas. Visuomet pasiruošęs padėti ir pakelti ūpą. Jis gyveno gyvenimą, kurio troško ir kurį jis labai mylėjo.
Žinios ir gebėjimai Ernestui padėjo ne kartą išvengti nelaimės kalnuose, bet neapsaugojo nuo klastingos ir brutalios žmogaus rankos.
Kartu su juo į Nanga Parbato kopęs Saulius Damulevičius dalinasi paskutinėmis Ernesto nuotraukomis ekspedicijos metu:
Bazinės stovyklos evakuacija:
Skrydis į Charkovą:
Paskutinis interviu su E. Markšaičiu:
GRYNAS.lt primena, kad birželio 22 d., apie 22.45 valandą vietos laiku, užpuolikai, apsivilkę sukarintos organizacijos – Gilgito žvalgų – uniformomis, užpuolė bazinę alpinistų stovyklą Nanga Parbato prieškalnėje.
Užpuolikai nužudė 10 užsienio alpinistų ir vieną pakistanietį porterį. Tarp aukų buvo ir lietuvių alpinistas E. Markšaitis. Jo kolega S. Damulevičius baisaus likimo išvengė, nes buvo išėjęs į kitą stovyklą.
Atsakomybę už šį išpuolį prisiėmė judėjimas „Tehrik-i-Taliban Pakistan”, kuris esą keršijo už Pakistano Talibano lyderio pavaduotojo Emiro Wali-ur-Rehmano žūtį nuo JAV bepiločio orlaivio smūgio. Tiesa, yra ir abejonių ar minėtas judėjimas tikrai surengė šį išpuolį.