Juodos sodo skruzdėlės paprastai apsigyvena pastatų pamatuose, šaligatvių borteliuose, šaligatvio plytelių smėlio pagalvėse, tarp krūmų šaknų, medžių kamienuose ar žemėje po žole. Į savo lizdus jos patenka pro nedideles skylutes, kurios yra nuolatinio skruzdėlių triūso rezultatas. Jaanne atveju skruzdės įsikūrė šiltnamyje ir rausė žemę šalia jos pasodintų augalų šaknų. Tokia veikla ardo dirvožemį, kuris išlaiko sodinukus, todėl jie gali išvirsti ir žūti.

Didžiausią žalą skruzdės gali padaryti pasikasdamos po namo pamatais, todėl jie gali pasvirti. Šie vabzdžiai taip pat gali pažeisti sienų tinką.