Vilniaus regiono aplinkos apsaugos departamentas (Vilniaus RAAD) 2012 metais atliko planinį specifinį asociacijos patikrinimą, kurio metu nustatyta, kad EEPA neorganizavo EEĮ atliekų sutvarkymo taip, kad būtų įvykdytos užduotys pagal EEĮ kategorijas. Asociacijai buvo duotas ne vienas privalomasis nurodymas papildomai organizuoti tam tikroms kategorijoms priskiriamų EEĮ atliekų sutvarkymą taip, kad būtų įvykdytos 2011 metų užduotys.
EEPA teikė pakoreguotus duomenis bei argumentus, tačiau nesiėmė bent minimalių priemonių įvykdyti privalomuosius nurodymus. Vilniaus RAAD pareigūnai paskaičiavo, kad jei EEPA būtų vykdžiusi EEĮ tvarkymo užduotis kaip tai reikalauja šalies teisės aktai ir įstatymai, tuomet tai būtų jai kainavę papildomai beveik 0,5 milijonų eurų už 2011 metais tiektą EEĮ. Asociacija nesutiko su privalomais nurodymais ir kreipėsi į teismą.
2016 metais, antrąkart šią bylą nagrinėjęs LVAT dar kartą konstatavo, kad EEĮ tvarkymo užduotys turi būti vykdomos pagal kategorijas, o ne pagal bendrą tiektą vidaus rinkai EEĮ kiekį ir Vilniaus RAAD teikti privalomieji nurodymai yra teisėti ir pagrįsti. Tokiu būdu yra įgyvendinami principai „teršėjas moka“, tiek atliekų tvarkymo visuotinumas, t. y. negali likti išskirta netvarkoma, ar tvarkoma mažesne apimtimi kuri nors EEĮ atliekų kategorija.
Teisėjų kolegija nurodė, jog teisinis EEĮ atliekų tvarkymo užduočių reglamentavimas yra aiškus, nėra teisinio pagrindo kreiptis į Konstitucinį Teismą dėl LR Vyriausybės nutarimo (juo patvirtintų EEĮ atliekų tvarkymo užduočių 2011 metams) neatitikimo Atliekų tvarkymo įstatymo nuostatoms, Konstitucijai ir joje įtvirtintiems konstituciniams teisinės valstybės ir teisėtų lūkesčių principams. Teisinio pagrindo kreiptis į ES Teisingumo Teismą taip pat nėra, nes teisėjų kolegijai nekyla abejonių dėl ES teisės aktų nuostatų aiškinimo ar dėl LR teisės aktų atitikties ES teisės aktams.
LVAT atmetė apeliacinį skundą ir paliko galioti 2015 m. balandžio 28 d. Vilniaus apygardos administracinio teismo sprendimą nepakeistą. Nutartis yra neskundžiama.
Taip pat pažymėtina, kad asociacija EEPA 2009 m., 2010 m. taip pat neįvykdė LR Vyriausybės patvirtintų elektros ir elektroninės įrangos atliekų tvarkymo užduočių dėl elektros ir elektroninės įrangos atliekų perdirbimo.