Pagal aplinkos ministro patvirtintą Ežerų monitoringo 2016 m. planą, skyrius vykdo monitoringą 24 ežeruose ir tvenkiniuose. Penki iš šių stebimų vandens telkinių yra Panevėžio RAAD kontroliuojamoje teritorijoje. Tyrimai vykdomi tam tikrais plane nustatytais laikotarpiais, atsižvelgiant į sezoniškumą ir fitoplanktono vystymosi ypatumus. Šešiuose ežeruose – Alnyje, Stirniuose, Švente, Šiurpyje, Asave ir Čičiryje vykdomas intensyvus monitoringas. Šiuose ežeruose mėginiai imami septynis kartus per metus.
Kituose ežeruose ir tvenkiniuose tyrimai vykdomi keturis kartus per metus – gegužės, liepos, rugpjūčio ir spalio mėnesiais. Kiekviename ežere VAKS tiria 15 cheminių ir fizinių rodiklių: azoto ir fosforo junginius, biocheminį deguonies suvartojimą, ištirpusį deguonį, pH, skaidrumą ir kt. Ežeruose paimti fitoplanktono ir chlorofilo mėginiai siunčiami į Aplinkos apsaugos agentūros Aplinkos tyrimų departamentą bei Jūrinių tyrimų departamentą. Drūkšių ežere imami mėginiai radionuklidų tyrimams.
Pagal visų per metus atliktų cheminių ir biologinių rodiklių tyrimų rezultatus Aplinkos apsaugos agentūra įvertina ežerų ir tvenkinių ekologinę būklę. Taip pat žinotina, kad pagal aplinkos ministro patvirtintą ežerų monitoringo planą mikrobiologiniai tyrimai ežeruose neatliekami ir maudyklų vandens kokybė nevertinama.
Per pirmąją gegužės mėnesio savaitę ištirtų aštuonių ežerų fizikinių-cheminių rodiklių tyrimų rezultatai rodo, kad neigiamų vandens kokybės pokyčių nėra.
Pavasarinis ežerų monitoringo laikotarpis svarbus tuo, kad šiuo metu imami makrozoobentoso mėginiai. Makrozoobentosas – paviršinių vandens telkinių dugne ar dugno paviršiuje bei ant panirusių objektų (riedulių, medžių šakų, povandeninių augalų dalių ir pan.) gyvenantys didesni negu 1 mm gyvūnai. Tai daugiausia įvairių vabzdžių – lašalų, ankstyvių, apsiuvų, žirgelių, chironomidų, mašalų lervos, taip pat moliuskai, dėlės ir kiti dugno bestuburiai. Dauguma makrozoobentoso gyvūnų pasižymi gana ilgu gyvenimo ciklu, kuris trunka ilgiau kaip metus, o kai kurių vabzdžių lervos vandenyje vystosi ir trejus metus. Jie gana sėslūs, todėl yra labai geri biologiniai vandens kokybės indikatoriai, parodantys gyvenamosios aplinkos pokyčius bėgant laikui, nes vien vandens cheminiais tyrimais tai įvertinti dažnai neįmanoma. Daugelis dugno bestuburių rūšių gali gyventi tik švariame vandenyje, todėl jų rūšinė įvairovė labai svarbi vertinant vandens telkinio būklę. Blogėjant vandens kokybei, rūšinė įvairovė mažėja, išlieka tik atspariausios rūšys, nors jų individų gali būti ir labai gausu. Makrozoobentoso mėginiai imami nuo dugno specialiu graibštu bei renkami pincetu nuo vandenyje panirusių objektų. Šie mėginiai bus analizuojami Aplinkos apsaugos agentūros Aplinkos tyrimų departamente.