Įgyvendinant projektą „Mažojo erelio rėksnio apsauga Lietuvos miškuose“ duomenys apie kiekvieną rastą erelių lizdą įvedami į Aplinkos ministerijos saugomų rūšių informacinę sistemą. Informacija taip pat siunčiama ūkinę veiklą miškuose kontroliuojančiai Valstybinei miškų tarnybai, miškų urėdijai, girininkijai kurios valdomuose miškuose rastas lizdas.
Jei lizdas nustatytas saugomoje teritorijoje – taip pat pranešama jos direkcijai. Jei yra poreikis, projekto darbuotojas kartu su miškininkais, inspektoriais vyksta į mišką.
Miško kirtimo taisyklės draudžia vykdyti plynus ir kitus pagrindinius kirtimus 100 m atstumu nuo mažųjų erelių rėksnių lizdų. Nustatytoje zonoje visi kiti miško kirtimai ir medienos ištraukimas draudžiami veisimosi metu – nuo balandžio 1 d. iki rugsėjo 1 d.