Didžiausia kolonija – Juodkrantės. Čia didieji kormoranai pradėjo perėti apie 1990 m. ir jų nuolat gausėjo. Šių paukščių gausai Juodkrantėje reguliuoti šaldomos jų dėtys. Tai vienintelė kolonija, kur taikomos kormoranų gausos reguliavimo priemonės. Kadangi kitose kolonijose jų porų skaičius yra stabilus, ten atliekamas tik monitoringas.
Šiemet Juodkrantėje perėjo apie 4 tūkst. didžiųjų kormoranų porų. Taikant specialias priemones lizduose atšaldyta per 1500 dėčių. Nenustatyta, kad dėl gausos reguliavimo darbų būtų kilusi grėsmė kartu su kormoranais perinčių pilkųjų garnių ar kitų paukščių lizdų saugumui.
Kita pagal gausą kolonija – Rusnės salyno. Šiemet čia suskaičiuota daugiau nei 3 tūkst. kormoranų porų. Trečia gausi šių paukščių kolonija yra Pajūrio regioninio parko Plazės rezervate, kur kasmet suskaičiuojama iki 1,2 tūkst. Lizdų. Kitose, mažesnėse kolonijose peri nuo kelių iki 200 porų didžiųjų kormoranų.
Jau ne vienerius metus visuomenėje nėra sutarimo vertinant šiuos paukščius. Kormoranų priešininkai ragina mažinti jų populiaciją, nes jie niokoja mišką, išgaudo žuvį. Gamtininkų teigimu, didieji kormoranai kaltinami nepelnytai.
„Kasmet vykdomas kormoranų monitoringas, specialistai stebi, kaip kinta jų skaičius. Aš pats šiemet aplankiau visas didžiąsias jų kolonijas – kormoranų populiacija Lietuvoje stabilizavosi ir nebeauga. Gali pasirodyti, kad kormoranų keliskart padaugėjo, nes jaunikliai paliko lizdus, tačiau tik penktadalis jų grįš pas mus perėti. Be to, kasmet keli tūkstančiai kormoranų paimama iš gamtos su specialiais leidimais žuvininkystės tvenkiniuose, daug jų pagauna plėšrūnai. Be to, kormoranai sugauna tas žuvis, kurių nežvejoja žvejai, puikiai mažina invazinių grundalų populiaciją ir patys yra maisto grandinės dalis. O miškų jie nenaikina, o keičia kitais, su daug didesne bioįvairove“, – aiškina aplinkos ministro patarėjas Marius Čepulis.
Kormoranai, kaip ir bet kuri kita laukinių paukščių rūšis, yra saugomi ES ir nacionaliniu lygiu. Jų populiacijos reguliavimas galimas tik išimtiniais atvejais, gavus Aplinkos apsaugos agentūros leidimą. Apie šiuos reguliavimo atvejus Aplinkos ministerija kasmet informuoja Europos Komisiją.